企业所得税：开发区内生产型外商投资企业减按15％的税率缴纳企业所得税，经营期10年以上的，实行“二免三减半”的优惠，即自获利年度起，两年免征，三年减半征收。新办外商投资企业投资额在1000万美元以上且经营期15年以上的，或高新技术企业投资额在500万美元以上且经营期15年以上的，企业所得税实行“五免五减半”的优惠，即从获利年度起，头两年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税；第三年至第五年由南通开发区财政补贴相当于企业已缴纳所得税地方留成部分的100%，第六至第十年由开发区财政补贴相当于企业已缴纳所得税地方留成部分的50%.开发区内生产型外商投资企业，免征地方所得税。
企业营业税：在开发区注册并纳税的外商投资企业（不含外资建筑总承包公司）所缴纳的营业税，开发区财政按年度纳税额的25%予以补贴。
年度亏损结转：开发区内外商投资企业发生年度亏损，可以用下一纳税年度的所得弥补；下一纳税年度的所得不足弥补的，可以逐年延续弥补，但最长不得超过5年。
再投资退税：外国和港澳台地区的投资者将从开发区企业分得的利润再投资于本企业或再兴办新企业，经营期不少于5年的，经税务机关核准，可退还再投资部分已纳所得税税款的40％；若上述投资投入产品出口企业或先进技术企业，经营期不少于5年的，经税务机关核准，可全部退还其再投资部分已缴纳的所得税税款。
个人所得税：在中国境内无住所，但是在一个纳税年度中在中国境内连续或者累计居住不超过90日的个人，其来源于中国境内职务的所得，由境外雇主支付并且不由该雇主在中国境内的机构、场所负担的部分，免予缴纳个人所得税。
海关税收：投资项目属《外商投资产业指导目录》中鼓励类和限制乙类的，经有关部门确认后，在投资总额内进口生产用机器设备免征进口关税。
如采用加工贸易方式（含来料加工和进料加工），进口原材料后生产的产品复出口的，只要原材料不属于加工贸易进口限制类商品的，免征进口关税。
