答：《行政处罚法》第二十四条规定：“对当事人的同一个违法行为，不能给予两次以上罚款的行政处罚。”在税务行政处罚中，对纳税人的同一违法行为，同时违反两个以上税收法律法规规定的，只能处一次罚款，加一次其他处罚。你单位在没有合法凭证的前提下，无票列支房租费用6万多元，全部被认定为虚报亏损，应该调整亏损额，你虽然没有造成少缴所得税税款的后果，不能认定为偷税，但根据《税收征管法》第六十四条规定，你的行为属于“编造虚假计税依据”，税务机关除责令你限期改正外，可并处5万元以下的罚款，因此你被处2万元的罚款，是有法律依据的。另外，根据《发票管理办法》第三十六条第四款，你的行为又属于“未按规定取得发票”行为，税务机关可以没收你的非法所得，可以并处1万元以下的罚款。所以，你被处2000元罚款，也是有法律依据的。
需要说明的是所谓“同一违法行为”，即你的违法行为，同时被《税收征管法》和《发票管理办法》认定为“编造虚假计税依据”，或者被上述法规同时认定为“未按规定取得发票的”，税务机关仍然给予你两次罚款的决定，便违背了《行政处罚法》“一事不二罚”原则。但是，你单位不属于这个情况，因此可以分别给予处罚。
