除共有原则外(如人民法院独立行使审判权，实行合议、回避、公开、辩论、两审、终审等)，税务行政诉讼还必须和其他行政诉讼一样，遵循以下几个特有原则：
(一)人民法院特定主管原则。即人民法院对税务行政案件只有部分管辖权。根据《行政诉讼法》第十一条的规定，人民法院只能受理因具体行政行为引起的税务行政争议案。
(二)合法性审查原则。除审查税务机关是否滥用权力、税务行政处罚是否显失公正外，人民法院只对具体税务行为是否合法予以审查，并不审查具体税务行为的适当性。与此相适应，人民法院原则上不直接判决变更。
(三)不适用调解原则。税收行政管理权是国家权力的重要组成部分，税务机关无权依自己意愿进行处置，因此，人民法院也不能对税务行政诉讼法律关系的双方当事人进行调解。
(四)起诉不停止执行原则。即当事人不能以起诉为理由而停止执行税务所作出的具体行政行为，如税收保全措施和税收强制执行措施。
（五）税务机关负举证责任原则。由于税务行政行为是税务机关单方依一定事实和法律作出的，只有税务机关最了解作出该行为的证据。如果税务机关不提供或不能提供证据，就可能败诉。
（六）由税务机关负责赔偿的原则。依据《中华人民共和国国家赔偿法》（以下简称《国家赔偿法》）的有关规定，税务机关及其工作人员因执行职务不当，给当事人造成人身及财产损害，应负担赔偿责任。
从税务行政与税务行政复议及其他行政诉讼活动的比较中可以看出，税务行政诉讼具有以下特殊性：
（一）税务行政诉讼是由人民法院进行审理并作出裁决的一种诉讼活动。这是税务行政诉讼与税务行政复议的根本区别。税务行政复议和税务行政诉讼是解决税务行政争议的两条重要途径。由于税务行政争议范围广、数量多、专业性强，大量税务行政争议由税务机关以税务复议方式解决，只有由人民法院对税务进行审理并作出裁决的活动，才是税务行政诉讼。
（二）税务行政诉讼以解决税务行政争议为前提，这是行政诉讼与其他行政诉讼活动的根本区别，具体体现在：
1．被告必须是税务机关，或经法律、法规授权的行使税务行政管理权的组织，而不是其他行政机关或组织。
2．税务行政诉讼解决的争议发生在税务行政管理过程中。
3．因税款征纳问题发生的争议，当事人在向人民法院提起行政诉讼前，必须先经税务行政复议程序，即复议前置。
人民法院审理行政案件实行合议、回避、公开审判和两审终审的审判制度。审理的核心是审查被诉具体行政行为是否合法，即作出该行为的税务机关是否依法享有该税务行政管理权；该行为是否依据一定的事实和法律作出；税务机关作出该行为是否遵照必备的程序等。
根据《行政诉讼法》第五十二条、第五十三条的规定，人民法院审查具体行政行为是否合法，依据法律、行政法规和地方性法规(民族自治地方的自治条例和单行条例)；参照部门规章和地方性规章。
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