1.滞纳税款的确定
由于增值税一般纳税人进项税额的调节，对“滞纳税款”不能简单理解为“查补税款”或“偷税额”。
国家税务总局《关于增值税一般纳税人发生偷税行为如何确定偷税数额和补税罚款的通知》（国税发［1998］66号）第一条规定：关于偷税数额的确定：由于现行增值税制采取购进扣税法计税，一般纳税人有偷税行为，其不报、少报的销项税额或者多报的进项税额，即是其不缴或少缴的应纳增值税额。因此，偷税数额应当按销项税额的不报、少报部分或者进项税额的多报部分确定。如果销项、进项均查有偷税问题，其偷税数额应当为两项偷税数额之和。第二条规定：关于税款的补征：偷税款的补征入库，应当视纳税人不同情况处理，即根据检查核实后一般纳税人当期全部的销项税额与进项税额（包括当期留抵税额），重新计算当期全部应纳税额，若应纳税额为正数，应当作补税处理，若应纳税额为负数，应当核减期末留抵税额。
2.滞纳天数的确定
对偷税行为加收滞纳金的计算起止时间为，从税款当期应当缴纳或者解缴的期限界满的次日起，至实际缴纳或者解缴之日止。
实际操作：“起算日”为，加上查补税额后实现应缴税金的次月11日（考虑顺延）：“止算日”为，出具《税务处理决定书》之日，在《税务处理决定书》中列明：偷税数额、查补税额、滞纳税款及到出具《税务处理决定书》之日应加收的滞纳金数额，以便征收机关从出具《税务处理决定书》次日起至实际缴纳之日止分段计算加收。
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