所谓非正常损失，是指生产经营过程中，不属正常的损耗，包括自然灾害损失、因管理不善造成货物被盗、发生霉烂等损失以及其他非正常损失。企业在产品和产成品耗用的非正常损失的购进货物或应税劳务按规定不得抵扣进项税额。非正常损失一般发生在采购、生产、保管、销售四个环节。
对非正常损失的稽查应从以下几方面进行：
①确认是否存在正常损失。
首先，分析会计报表。一查资产负债表的“待处理财产损益”项目，调阅相关凭证进一步核实是流动资产损失，还是固定资产损失，因为只有流动资产的损失才有可能涉及到增值税的调整问题；二查损益表，如果发现表中列支的“营业外支出”金额较大，则调阅凭证看有无非正常损失项目。
其次，分析财务指标。有的纳税人在发生了非正常损失后，不通过“待处理财产损益”科目核算，而是直接增加当期生产或销售成本，导致月份成本偏高、毛利率偏低。稽查时可通过比较分析法，查看纳税人在稽查期所销售货物的平均单位成本是否比一般水平偏高，如果确定偏高又无合理解释的，就说明纳税人有隐瞒非正常损失的可能。这时应重点稽查“原材料”、“产成品”、“生产成本”账户的贷方发生额，通过贷方发生额的具体内容判定企业是否存在将非正常损失项目自行消化的情况。
再次，分析存货的呆滞金额。稽查存货明细账，对一些品种的外购货物原材料及企业产成品和多少年来都是上年连续结转数量而金额没有变的呆滞金额，应查明实物是否存在；对数量少、金额较大的品种抽样实物盘点，查明是否名存实亡；再核实短少的存货，对已销的部分作实现销项税额处理，对损失部分作进项税额转出。
最后，债权赔偿分析。有些非正常损失应由外单位或个人承担责任，在双方协商一致的情况下，对方做出一定赔偿。签订赔偿协议内容可以反映非正常损失的真实情况；双方协商不一致的，可能产生经济诉讼，诉讼材料也会反映非正常损失的真实情况；另外，自然灾害等原因导致的损失，通过保险公司在赔偿时详细调查的企业存货损失情况资料及做出的赔偿金额，也能充分得到证实。
②审查非正常损失是否已作进项税额转出。
对企业发生的损失确认后，财务核算已作账务处理的，可以通过“待处理财产损益”账户的借方发生额，调阅记账凭证，稽查其账务处理。如果“待处理财产损益”账户借方发生额对应关系为贷记“原材料”、“包装物及低值易耗品”、“产成品”、“生产成本”，同时贷记“应交税费——应交增值税(进项税额转出)”，说明被查企业已作进项税额转出。如果上述对应关系中贷方没有发生“应交税费——应交增值税(进项税额转出)”，则说明存在未转出进项税额，应予以调整。同理，企业发生损失查明原因后，企业决策者批准直接在“营业外支出”账户中列支的，则采用相同的方法查看“营业外支出”账户的借方发生额的对应关系是不是“应交税费——应交增值税(进项税额转出)”，若不是，则也应进行调整。
对企业发生的非正常损失没有及时按会计制度进行正确核算处理的，应分析损失项目的具体情况分别处理，在进项税额转出的同时分别贷记“原材料”、“生产成本”、“产成品”等账户。
③稽查“进项税额转出”金额是否正确。
稽查计税依据是否正确；注意毁损货物的具体时间，查看有无延期转账的现象；稽查计算方法是否正确，是否人为地减少了物耗项目，进而少了进项税额。
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