税务机关通过对稽查对象进行税务稽查监督发现纳税人、扣缴义务人及其他公民、组织实施了税务违法行为，或者通过受理公民的申诉、控告、举报以及其他信息渠道获悉行政管理相对方实施了税务违法行为，经初步判明税务违法程度达到规定标准的，应当立案。
立案一般要具备几个条件：1.有一定的税务违法事实;2.有明确的税务违法人;3.依法应当或者需要追究其法律责任;4.属于税务机关的管辖范围。依照《规程》第13条规定，税务稽查对象中经初步判明具有以下情形之一的，均应立案查处：
1.偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税以及纳税人、扣缴义务人非法提供账户、发票证明或者其他方便，导致税收流失的。
2.未有第1项所列行为，但查补税额在五千元至二万元以上的(具体标准由省、自治区、直辖市税务机关根据本地情况在此幅度内确定)。
3.私自印制、伪造、倒卖、非法代开、虚开发票、非法携带、邮寄、运输或者存放空白发票，伪造、私自制作发票监制章、发票防伪专用品的。
4.税务机关认为其他需要立案查处的。主要指没有第1至3项所列举的行为、补税数额不大，但情节严重，如有经营行为不到税务机关进行税务登记经反复教育又不改正的;不按时申报，长期拖欠税款需要进行罚款处理等。
1、补税、加收滞纳金、罚款。一旦查出少缴税款的问题，一般会被补税，加收滞纳金。滞纳金相当于占用国家税款的时间成本，性质类似于利息，但比利息高出很多，相当于年息18%。罚款是违法行为应该付出的代价，罚款多少，有一定的弹性。
2、在补缴税款、滞纳金、罚款之外，被媒体曝光。媒体经常有纳税人偷漏税的报道，这些报道一般不是记者得知消息采访写成，许多都是税务或海关等执法部门，为发挥稽查的震慑作用，主动向媒体爆料，请媒体曝光。
3、在补缴税款、滞纳金、罚款、被曝光之外，被追究刑事责任。因涉税问题，构成犯罪的，应依法追究刑事责任。根据刑法的有关条款，与税收有关的罪名包括:逃税罪、抗税罪、逃避追缴欠税罪等9个罪名，最轻判处三年徒刑，最重可判无期徒刑。
税务稽查对象的确定:税务稽查对象一般应当通过以下3种方法产生:通过电子计算机选案分析系统筛选;根据稽查计划、按照征管户数的一定比例筛选或者随机抽样选择;根据公民举报、有关部门转办、上级交办、情报确定。
税务稽查对象的立案:税务稽查对象中，经初步判明有以下情形之一的，应当立案查处:偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税和为纳税人、扣缴义务人非法提供银行账户、发票、证明或者其他方便，导致税收流失的;无上述违法行为，但是查补税额在5000元至2万元以上的;私自印制、伪造、倒卖、非法代开、虚开发票，非法携带、邮寄、运输或者存放空白发票，伪造、私自制作发票监制章和发票防伪专用品的;税务机关认为需要立案查处的其他情形。
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