税务机关通过对稽查对象进行税务稽查监督发现纳税人、扣缴义务人及其他公民、组织实施了税务违法行为，或者通过受理公民的申诉、控告、举报以及其他信息渠道获悉行政管理相对方实施了税务违法行为，经初步判明税务违法程度达到规定标准的，应当立案。
立案一般要具备几个条件：1.有一定的税务违法事实;2.有明确的税务违法人;3.依法应当或者需要追究其法律责任;4.属于税务机关的管辖范围。依照《规程》第13条规定，税务稽查对象中经初步判明具有以下情形之一的，均应立案查处：
1.偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税以及纳税人、扣缴义务人非法提供账户、发票证明或者其他方便，导致税收流失的。
2.未有第1项所列行为，但查补税额在五千元至二万元以上的(具体标准由省、自治区、直辖市税务机关根据本地情况在此幅度内确定)。
3.私自印制、伪造、倒卖、非法代开、虚开发票、非法携带、邮寄、运输或者存放空白发票，伪造、私自制作发票监制章、发票防伪专用品的。
4.税务机关认为其他需要立案查处的。主要指没有第1至3项所列举的行为、补税数额不大，但情节严重，如有经营行为不到税务机关进行税务登记经反复教育又不改正的;不按时申报，长期拖欠税款需要进行罚款处理等。
对于立案的税务稽查对象，采用一般程序处理，即实施税务稽查一发现纳税人有逃避纳税义务行为的，采取税收保全措施一根据《税务稽查底稿》和有关证据资料等制作《税务稽查报告》一交稽查审理部门进行审查提出《审理报告》(大要案件呈交审委会或上级税务机关)一需处罚的，《告知》纳税人申辩等有关权利事项一有听证权利的纳税人要求听证，税务机关组织昕证，听证完毕存在异议，进行二次审理一做出《决定书》一构成犯罪的，移送司法机关一执行并做出《执行报告》;对于不需立案的稽查对象，可采用简易程序，即实施税务稽查进行调查取证。确定不需立案制作《税务处理决定书》或者《税务稽查结论》，报经局长批准后执行，并做出《执行报告》。
提层级——实施跨区域稽查机构设置，打破现有的行政区划，将稽查机构适当向上提升，破除现有的利益藩篱，保证执法的独立公正，实现机构扁平化、资源集约化、职责清晰化、运行高效化的目标。
壮筋骨——加强有关税改业务学习以及打击虚开发票、骗取出口退税的实务学习，注重实战练兵，帮助干部更快更好地适应新的工作要求。按照素质高、能力强、作风硬的要求，以懂征管、熟政策、通法律、能查账、善执法为标准，打造一支文武兼备、能打胜仗的稽查队伍。
促联动——切实加强与公安、海关、人民银行、检察院、法院等部门的联系协作，在案件查办、资金查询、信息互通、工作互助等方面争取更多支持，形成打击涉税违法犯罪的合力，优化税收工作外部环境。
税务稽查审理，是税务稽查机构对其立案查处的各类税务违法案件在实施稽查完毕的基础上，由专门组织或人员核准案件实施、审查鉴别证据、分析认定案件性质，制作《审理报告》和《税务处理决定书》或《税务稽查结论》的活动过程。
税务稽查审理主要包括
1、违法事实是否清楚、证据是否确凿、数据是否准确、资料是否齐全。
2、适用税收法律、法规、规章是否合法。
3、是否符合法定程序。
4、拟定的处理意见是否得当。
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