(1)有关电脑资料被删除
目前大中型超市的商品均以计算机为依托，通过计算机网络终端(收银台)将商品名称、数量、单价、金额等数据传送至网络服务器进行管理。该服务器存储的各类数据既是各收银台每班商品销售结算和超市会计核算的原始依据，也是税务部门计税依据。超市购进货物一般都不做手工明细账，而是将货物品名、数量、单价以不同条形码形式输入电脑。销售时由电脑收款机对商品条形码进行识别、结算收款和核算收入。按规定，电脑资料和账簿、凭证都应按规定年限进行保存。但是，大部分超市在经营过程中存在删除一些电脑资料的问题，这实际上等同于销毁了账簿记录，导致税务人员无法对其销售收入进行核查，从而隐匿真实数据，进行虚假申报，达到偷逃税款的目的。
(2)收入记载不真实
大多数超市不同程度地存在隐瞒销售收入和迟记收入现象。主要表现在：一是原始单据不真实，以银行进账单替代原始凭证;二是原始单据不完整，缺乏有效的原始单据，日报单保存不完整，总店与分店之间没有财务核算传递的原始资料;三是账面反映的不开票收入与实际情况差距大，四是多数超市对于代金券这部分收入存在迟记现象，按照规定，收到货款，将代金券(相当于提货单)交给购货方，销售就已实现，企业将这部分收入先挂在往来账上，过一段时间再记收入，造成税款滞纳，甚至可能造成人为调节应纳税额等现象。据调查，某财务核算比较规范的超市，月均不开票或代金券收入占总收入的比例在50%左右，而其他几家核算不规范的超市，月均不开票收入却不足20%，有的月份仅有1%。可见，隐瞒不开票收入现象比较严重。
(3)超市收取的各种费用未纳税
超市收取的除场地租赁费外，还收取进店费(是供应商获取进店经营的资格而交纳的费用,只是对新供应商适用。至于缴纳多少,各超市标准不一);赞助费(即节日、店庆,厂家支付的赞助。在节假日、店庆日,超市通常会组织较大规模的促销活动,必然要支付大量的广告费、促销宣传费。通过这种宣传,可以实现商家与厂家的双赢); 海报费(是超市为供应商的商品进行促销宣传而收取的一项费用，超市促销主要通过自行印制海报来宣传经营的商品)等各种费用，存在漏缴各种税费的现象。
(4)超市中的个体税收问题
超市中的租赁经营者大部分为个体工商户，有的办理了税务登记，有的没有办理税务登记。无论是否办理税务登记，都没有按全部销售收入足额交纳个人所得税。另外，个体租赁户销售货物，消费者要求开具发票，由超市负责开具，造成了发票管理上的混乱以及个体税收的流失。[page]
