一、对贷款利息计入建设成本，清算净收入在运营单位核算造成建设成本不实的问题，已实行基建财务与企业财务并轨的单位要调整建设成本；未实行并轨的，要指出存在的问题，并要求铁道部在制度上进行完善。
二、对未及时结转交付资产的问题，应督促有关单位尽快办理交接手续。
三、对引进设备的质量问题，应建议铁道部积极与外商联系，尽快协调处理，保障京九铁路正常运营，并依据合同条款提出索赔。
四、概算中少列的地方税费，如属于法制不配套造成的问题，因没有税源，审计机关可暂不收缴，统一反映。
五、夹带项目投资不能计入京九铁路建设成本。
六、违规提取的包干结余，应作为结余资金处理。
七、奖金利息问题，根据中国建设银行《关于铁道部申请设立京九铁路劳动竞赛奖励基金的复函》（建总函字〔1993〕第456号）“京九铁路全线劳动竞赛奖控制在1700万元以内不得突破”的规定，存款利息不能继续作为奖励资金，应作为结余资金处理；如确实需要增加奖励资金，应报铁道部重新审批。
八、引进设备退税问题，1997年以前缴纳的关税及相应增值税暂计入建设成本，以后缴纳的冲减建设成本。
