鉴于上述B2C电子合同中仲裁条款的独特性，理论界对该合同的效力存在着广泛的争议。B2C电子合同强加仲裁条款于消费者的方式，应该说对在线公司和消费者各有利弊。对在线公司而言，由于互联网的全球性和无边界性，公司无法知道消费者的位置，如果发生纠纷，允许消费者在其惯常居所地起诉的话，在线公司就可能仅因为维持了一个网址，而受制于世界任何地方的法院管辖或冲突法的适用，这无疑会增加公司的运营成本和经营风险。而且，受制于越多的法律和法院，相应的成本就越高，其结果使得中小型企业难以涉足电子市场，最终损害的是电子商务和互联网的发展。通过明确约定仲裁条款，就可以排除消费者向其本国法院起诉的权利，将所有与产品相关的纠纷集中在某一特定地区进行解决，并且可以避免消费者集体诉讼的情况，减少了经营者的交易成本和风险。
但反对者认为，完全采用上述观点，可能损害或忽视对消费者的保护，纵容公司故意回避对消费者有利的法律，从而损害消费者的利益，并最终危及消费者对于电子商务的信心。消费者一旦对电子商务丧失信心，将直接影响在线公司货物的销售和服务的提供，最终必将阻碍电子商务的发展。
上述两种观点争议的焦点在于如何保护消费者的利益。而在争议解决过程中，消费者利益的保护主要取决于案件处理过程中适用何处的法律，争议解决的方式对消费者利益的影响则相对较小。从目前各国已有的法律适用规定来看，合同中没有作出法律适用约定的情况下，自动适用消费者居住地国法律;如果有约定，则该法律适用的约定条款不得剥夺消费者所在地强行性法规对消费者的保护。如美国《统一计算机信息交易法》第109条、欧盟1980年《关于合同义务法律适用的公约》第5条和1987年《瑞士联邦国际私法法规》第114条等都有此类规定。因此，如果在仲裁过程中，恰当地适用法律，同样能够达到保护消费者利益的目的，而不能断然推论承认仲裁条款的效力就会损害消费者的利益。
格式合同尽管被认为在一定程度上违反了契约自由原则，但由于它有着自身的优势，而且已广泛应用于人们的日常生活，各国立法往往在一定条件下认可其法律效力。电子商务是为了交易的高效率、低成本，才利用电子的手段进行交易。这种交易的环境和方式本身，就决定了交易当事人之间相对缺少协商。因此，对于电子合同中的仲裁条款，我们不能一概予以拒绝，而应该区别对待。
1.从目前各国电子商务的实践来看，为防止提供格式合同方的欺诈行为和保护消费者的权益，对电子商务中格式合同都规定了一定的限制：即被提供格式合同方要有预先审视的机会和明示同意，也就是说消费者或被授权方对于格式合同有预先审视合同实质性内容的机会，并通过一定的行为明示表示同意。例如，美国《统一计算机信息交易法》第112条不仅对当事人或其电子代理人审查的机会和表示同意的行为作出了不同的规定，而且对“审查的机会”和当事人“同意的表示”进行了特别的要求。我国合同法第三十九条第一款也赋予了提供格式合同的一方应提请对方注意有关责任免除或限制条款的义务，即“采用格式条款订立合同的，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务”，并采取合理的方式提请对方注意免除或者限制其责任的条款，按照对方的要求，对该条款予以说明。[page]
仲裁条款是格式合同中的争议解决条款，其重要性不亚于合同的实质性条款。在当事人没有接受该格式合同时，合同中的仲裁条款当然不具有法律效力。如果当事人接受了格式合同，而且对格式合同中的仲裁条款有审视的机会，也就意味着认可该格式合同中的仲裁条款。对于商家而言，它必须保证消费者有足够的时间阅读含有仲裁条款的格式合同，并根据自己的意愿在该合同的尾部点选“同意”或“不同意”。如果网上格式合同在电脑屏幕上逗留时间很短，或者商家只是提供含有仲裁条款的格式合同供消费者浏览，而不要求消费者对是否同意该合同作出明确的表态，此类情况应视为双方未达成仲裁合意。
2.协议仲裁条款优先。即使在格式合同中，如存在当事人协议条款的情况，由于协议条款体现了合同法的实质精神——意思自治、公平、合理，这种反映当事人真实意思表示的条款，在效力上要优先于格式条款。例如 美国《统一计算机信息交易法》第209条就规定一般零售授权合同中的格式条款，在与当事人协议的条款发生冲突时无效。我国合同法第四十一条中也规定“对格式条款的理解发生争议的，应当按照通常理解予以解释。对格式条款有两种以上解释的，应当作出不利于提供格式条款一方的解释。格式条款和非格式条款不一致的，应当采用非格式条款。”因此，当事人之间另有仲裁协议的，应以当事人之间的仲裁协议为优先。
3.如果当事人当初接受了格式合同，而后来由于其他原因，致使该格式合同变更或无效时，根据仲裁条款自治理论，不影响该格式合同中仲裁条款的效力。例如，我国仲裁法第十九条第一款就规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。”仲裁条款自治原则不仅得到了各国司法和仲裁实践的承认，而且也是仲裁法的一个重要原则。
