这里的仲裁协议，是指当事人在合同中订立的仲裁条款或以其他方式达成的书面仲裁协议。
仲裁协议的独立性，是指仲裁条款或仲裁协议与合同的其他条款既分离且独立存在。仲裁协议因合同的订立而订立，但并不因主合同发生争议或被权力机关确认无效而失去效力，反而会发挥其作为后置救济手段的作用。
需要注意的是在实务中，当事人在合同中约定的仲裁条款为“若本合同无效，本合同全部的条款，包括仲裁解决条款均为无效”，此时该仲裁条款是否仍具有独立性？也就是说，如果当事人根据意思自治原则协商一致排除仲裁条款的独立性，那么该约定是否有效？在仲裁实务界，大多数观点认为，我国仲裁法及司法解释已经明确规定仲裁协议的独立性，当事人在合同中的排除仲裁协议独立性约定应当认定为无效。
另外，在实务中还常出现合同未成立与仲裁独立性的问题。
最高人民法院研究室、民事审判第四庭编著的《最高人民法院仲裁司法解释的理解与适用》中明确对该问题进行了解读：“如果一方当事人提供合同范本或者格式合同后，双方经过多次谈判，最终未能就合同条款达成一致，合同中的仲裁条款（特别是在有关当事人未对该仲裁条款提出异议或者修改意见时）能否约束双方当事人之间的争议是一个比较复杂的问题”。“如果双方当事人在谈判过程中未对仲裁条款提出异议，但因对合同其他条款未能达成一致而导致合同未成立，则不能视为双方就其合同争议的解决达成了仲裁协议。因为一方当事人提供含有仲裁条款的合同属于一种要约行为，对方当事人就合同的其他条款提出修改意见属于反要约或者新要约的组成部分的仲裁条款，仍然需要对方当事人的承诺才能构成有效的仲裁协议。如果仅仅因为一方当事人提供的合同范本或者格式合同中存在仲裁条款，就不管当事人是否就合同的全部条款包括仲裁条款达成合意，而认定单方拟定的仲裁条款具有约束双方当事人的效力，实践中可能产生极不公平的效果。”
此外，合同已经成立但尚未生效的合同，双方约定的仲裁协议是否具有独立性：一是合同已经成立，但需要办理批准登记手续方能生效的合同，二是附生效条件的合同，虽合同已然成立，但条件尚未成就。此两种情形下，合同中的仲裁条款是否生效？在实践中，合同已经成立但尚未生效之前，有可能发生纠纷，根据当事人意思自治原则，如果合同中存在有效仲裁条款，应认为该仲裁条款发生效力。
