仲裁协议的有效解释原则，是以仲裁协议的独立性为其理论基础的。仲裁协议的独立性理论或者仲裁条款自治理论，在于将一个包括仲裁协议或者仲裁条款的合同，视为由两个相对独立的合同构成的整体，其中一个为实体性质的合同，即约定当事人双方民事实体方面的权利义务等，与此相对应的是合同实体法;另一个为程序性质的合同，即形式上表现为仲裁协议或者仲裁条款，与此相对应的是合同程序法。仲裁协议的独立性理论集中到一点，就是合同未成立、或者成立以后未生效或者被撤销的，不应当影响仲裁协议或者仲裁条款的有效性。
仲裁协议的独立性不仅有理论基础，而且有明确的法律依据。根据我国仲裁法第5条关于“当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外”的规定，当事人之间存在着解决争议的仲裁协议，而一方当事人又将其争议提请人民法院通过诉讼解决的，人民法院应当不予受理。据此，一项有效的仲裁协议可以排除人民法院的司法管辖权。更能体现仲裁协议独立性的是仲裁法第19条第1款的规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。”同时合同法第57条也明确规定：“合同无效，被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力。”
从世界各国仲裁立法例、有关国际公约以及司法实践来看，仲裁条款独立于实体合同是一个普遍的规则。《承认及执行外国仲裁裁决公约》(又称《纽约公约》)第2条第三款亦规定：“当事人就诉讼事项订有本条所称之协定者(即仲裁协议)，缔约国法院受理诉讼时应依当事人一方之请求，命当事人提交仲裁，但前述协定经法院认定无效、失效或不能实行者不在此限。”而我国是《纽约公约》的缔约国之一。
仲裁协议依法订立，对当事人双方即具有法律效力，人民法院也要充分尊重。一方当事人无视仲裁协议而直接向人民法院提起诉讼的，另一方当事人有权依据该仲裁协议请求人民法院不予受理或者终止司法程序，将有关争议交由仲裁机构裁决。仲裁协议范围内的事项所发生的争议不得以诉讼方式加以解决，国内仲裁如此，涉外仲裁亦然。民事诉讼法第257条规定：“涉外经济贸易、运输和海事中发生的纠纷，当事人在合同中订有仲裁条款或者事后达成书面仲裁协议，提交中华人民共和国涉外仲裁机构或者其他仲裁机构仲裁的，当事人不得向人民法院起诉。当事人在合同中没有订有仲裁条款或者事后没有达成书面仲裁协议的，可以向人民法院起诉。”[page]
我国仲裁法第16条要求仲裁协议除了应当具有请求仲裁的意思表示和仲裁事项以外，还包括选定的仲裁委员会，第17条规定的3种无效情形都是仲裁协议自身出现的问题，也从反面证明了仲裁协议的独立性。
总之，即使实体合同未生效、无效、失效或者不能履行，合同中的仲裁条款的效力均不因此受影响。这一点是中国今后的司法实践应当继续坚持的。
仲裁协议约定由某地的仲裁机构仲裁且该地仅有一个仲裁机构的，该仲裁机构视为约定的仲裁机构。该地有两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁;当事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。譬如最高人民法院在审理安徽国泰物业有限公司申请确认仲裁协议效力一案时认为：双方当事人明确约定：合同履行中发生争议由当地合同仲裁委员会仲裁，该约定对仲裁机构的表述，因为双方当事人住所地及合同签订地、履行地、标的物所在地均在安庆市，合同中约定的“当地合同仲裁委员会”应认定为安庆仲裁委员会，故本案仲裁协议有效。
再如最高人民法院2000年12月5日在《关于中化国际石油(巴哈马)有限公司诉海南昌盛石油开发有限公司购销合同纠纷案中仲裁协议效力问题的复函》指出：根据国务院1996年6月8日《关于贯彻实施〈中华人民共和国仲裁法〉需要明确的几个问题的通知》的规定，仲裁机构重新组建以后，中国国际经济贸易仲裁委员会不是中国惟一的国际贸易仲裁机构，新组建的仲裁委员会也可以受理涉外仲裁案件。因此，合同中“中国相关的国际贸易仲裁机构”不能推定为就是中国国际经济贸易仲裁委员会。鉴于本案当事人对仲裁机构的约定不明确，而一方当事人已起诉至有关人民法院，表明双方当事人已不可能就仲裁机构达成补充协议，依照仲裁法第18条的规定，应认定本案仲裁条款无效。
第三，最高人民法院在《关于同时选择两个仲裁机构的仲裁条款效力问题的函》中认为，当事人在仲裁条款“合同争议应提交中国国际贸易促进委员会对外经济贸易仲裁委员会，或瑞典斯德哥尔摩商会仲裁院仲裁”中对仲裁机构的约定是明确的，亦是可以执行的，当事人只要选择约定的仲裁机构之一即可进行仲裁。故根据民事诉讼法第111条第二项的规定得出人民法院对本案没有管辖权的结论，承认了仲裁条款的有效性。
