与仲裁协议效力密切相关的问题是仲裁协议的法律适用。因为中国《仲裁法》对仲裁协议的实体内容作了相当严格的规定，不符合这些条件的仲裁协议将被视为无效。这种立法上的思维影响到中国各地法院对有效仲裁协议的理解和认识。正如上面所指出的，如果一项仲裁协议规定：“凡发生争议，交付国际商会仲裁解决”，其他国家法院肯定不会发生它是否有效的问题;然而按中国的《仲裁法》，中国法院曾经对它的效力持怀疑态度。之所以发生这种情况，就在于《仲裁法》的影响。
既然准据法对仲裁协议效力有重要意义，那么法院在处理有关仲裁协议效力的争议问题时，必然遇到的问题是：仲裁协议的准据法与合同准据法能否分别适用?特别是涉外经济贸易合同当事人约定适用中国法律的情况下，是否能够适用外国法或者中国香港、澳门特别行政区的法律来判断仲裁协议的效力?这些问题至少在中国司法系统中并未进行深入的研究和讨论。
国际上，合同准据法与仲裁协议准据法可以分别适用，已经不再是仅仅学者们的纯理论研究问题，它早已付诸实施了。从仲裁制度的各种因素考察，仲裁地是与仲裁程序关系最密切的地点，仲裁地的法律在国际商事仲裁中具有特殊的地位和作用。由于仲裁地作为仲裁程序进行地和仲裁裁决作出地，仲裁地法院享有在仲裁程序不符合仲裁地国法律的强制性规定时撤销仲裁裁决的权力。所以，当合同的准据法(并非仲裁协议的准据法)是甲国法律，但约定的仲裁机构位于乙国，适用乙国法律来判断仲裁协议的有效性，是可能的，也具有某种合理性。
