在“给付行政”主导下的参与型行政的理念已经深入人心，但是要改变行政法实施现状并非可以“毕其功于一役”。在这艰难的转型期，在行政诉讼中确立调解制度，将是中国行政法学迈向服务行政的坚实一步。合作行政的理念将逐步完成从理论到制度的过渡。总之，一方面合作的行政为行政诉讼中调解的使用提供了理论基础，另一方面，在行政诉讼中确立和适用调解制度，又是对合作行政理念的深化和推广。
(一)现有理论基础的解构
我国行政诉讼法禁止调解的理论基础是来自于以下几个方面。第一，依据依法行政的理念，公权不得自由处分。“行政机关不得处分其法定职权，这是依法行政原则对行政主体在行政诉讼中的要求，指禁止行政被告出于诉讼胜负和其他动机，放弃、交换法律赋予的管理职权和诉讼权利的基本规则。”“行政行为未遵循法定权限，法定实体规则和法定程序的要求，均构成对依法行政原则的违反，从而构成对法治原则的违反”因此传统理论认为调解制度的确立，即意味着行政机关拿行政权力与相对人讨价还价，这不仅是处分了行政权，而且是对法治原则的违反;第二，行政法的核心是控制行政权，行政诉讼必须裁断行政行为是否合法，适用调解其实回避了合法性问题，会导致对行政主体违法的放纵，使行政诉讼的监督目的流于形式。如此看来，调解制度无异于是洪水猛兽。
其实不然，虽然一方面，调解制度是建立在双方当事人可以自由处分权力(利)基础上的，但是行政权力并非都是不可处分。“在我们的时代，只有很少的规则非常确定，不至于某一天会要它们出来证明自身作为顺应某个目的之手段而存在的正当性。”立法者无法穷尽所有情况而将法律制定的极其完备，因此我们面对的大多数是原则性的条款。正如前文所引证的例子中，最高院行政诉讼司法解释第58条在实践中58条的规定难以把握，究竟多大的损失才能使法院作出确认判决，这很大程度上依赖于法官的价值判断，可能会对双方损失的衡量作出不合理的解释。同样在行政行为过程中，行政机关的自由裁量权也是有很大空余的，如对“公共利益”、 “必要”、“重要”、“适当”等的理解。
其次，我们希望调解制度的引入，并非提倡调解适用于所有的行政诉讼领域，例如在公权不得处分的情况下，和一方或双方规避法律的情况下。所以，有的学者所担心的，适用调解其实回避了合法性问题，会导致对行政主体违法的放纵，使行政诉讼的监督目的流于形式，是完全没有必要的。一种制度的建立本身是需要大量的配套制度
(二)调解制度建立的理论基础
行政诉讼中之所以能够建立调解制度，除了前文提到的在行政中存在一定的自由裁量的范围之外。更为重要的是，行政法制的发展已经摆脱了行政机关单方面强制的做法，现代行政的一大重要特点就是参与式行政的产生。“所谓行政参与，是指在行政立法、以及做出行政行为时，应有利益关联的人参与。行政参与是行政民主最核心的内容。” 在参与式行政产生的同时，也意味着行政相对人地位的提升，以及契约平等精神的发展已经深入人心。既然这种行为方式已经普遍适用于行政行为领域，那么在行政诉讼领域也应该坚持这一思路。
首先，从大背景来看，给付行政的出现为参与式行政提供了平台。因为一方面，给付行政意味着个人生活越来越离不开国家行政，行政权扩展到社会生活的各个领域;另一方面意味着“行政管理已不再仅仅是行政机关单方意志的体现，更多的时候，这种行政管理表现为行政机关与行政相对方的合作，只有合作的行政才能使行政机关节约行政成本，提高行政效率，使行政目的得以圆满实现。对相对人而言，参与合作的行政，能使自己受益，享受行政机关提供的高质量的服务。行政机关与相对人的这种合作越充分，两者双赢的可能性就越大。”
在行政管理活动中行政机关可以通过与相对人的沟通协商作出合理变通。可以肯定，行政行为的不断做出与变更贯穿于行政机关与行政相对人之间互动过程中，行政机关既可以在行政程序阶段与相对人达成妥协，也可以在相对人起诉以后。如果行政机关不拥有实体处分权，将无法与相对人达成妥协，而这个处分权的行使，并不必然以损害国家利益、公共利益为前提，相反，在给付行政中，这个实体处分权更能保证行政机关以符合法律精神的方式实现其行政目的。因此，我们应当承认在现代行政管理活动中，行政机关有必要、有可能在不损害国家利益、公共利益的前提下，根据实际需要在行政程序阶段和行政诉讼阶段处分其行政职权。
