我国现行的行政诉讼被告举证时限制度由于设立不久，加之具体制度设计粗疏，必然会给审判实践带来一系列的困惑和混乱。另一方面，我国的行政诉讼制度受民事诉讼有关制度影响，行政审判法官耳濡目染，民事诉讼中的许多观念审判经验在很大程度上影响着他们。
我国现行民事诉讼制度偏偏又没有举证时限制度，更使得行政审判无先例可循，无经验可资借鉴。目前的客观情况是，行政诉讼被告举证时限制度无论理论还是实务，开掘深度与实践要求差距较大，造成审判实践中对该制度理解和认识不一，审理中的具体适用程序和方式多种多样，一定程度上动摇了被告举证时限制度的价值根基，也有损于司法的统一和公正。
当一项法律制度存在缺失和容易引起理解歧义时，法官必须运用释明权，根据相关法理，结合立法原意加以释明和正确适用。下面，笔者试图根据前文所述来探讨审判实践中如何正确适用被告举证时限制度。
审判实务中，一种观点认为：如果被告违反举证时限制度，逾期提供又无正当理由，人民法院应当拒绝接受和承认，不须进行开庭审理即宣告被告败诉。其法理根据是违反被告举证时限制度法律后果“证据失权论”。他们认为被告违反举证时限制度，其法律后果必将导致被告在行政诉讼中丧失提出作出被诉具体行政行为时的证据的权利。既然被告已丧失了提出证据的权利，《解释》第二十六条又明确规定此种情形下人民法院“应当认定作出该具体行政行为没有证据”，所以没有必要开庭审理，而应径行判决被告败诉。
另一种观点则认为，人民法院审理行政诉讼案件时，其作出的任何裁判均须有相应的根据。《解释》第三十一条第一款明确规定：“未经法庭质证的证据不能作为人民法院裁判的根据”。如果不允许被告开庭时提出证据(指未在法定期限内提供的证据)并经法庭质证后确认其所举证据失效，岂不有违上述司法解释的规定。因此，即使被告违反举证时限制度，人民法院也应当按照通常的程序开庭审理，只须在法院认证时对被告所举证据的效力予以否定，判决被告败诉。
第一种观点之误在于，它将举证时限制度孤立于整个行政诉讼程序制度之外，片面夸大了举证时限制度的诉讼价值，曲解了证据失权理论的含义，其作法经不起推敲。应当明确：“诉讼的言词原则、直接原则和公开审判原则是审理构造所必须遵循的原则，如果离开这些原则，就无法满足程序正义的基本要求，在三个基本原则基础上所搭建的诉讼审理构造，一定是以庭审的事实审理为中心。”第二种观点有些似是而非，实则更为不妥，理由有二：
1、该观点之法理基础是违反被告举证时限制度法律后果“证据失效论”。他们认为，既然违反举证时限的法律后果不是丧失提出证据的权利，被告当然有权在庭审中就这些证据进行举证。法院在庭审结束后进行认证时否认这些证据的效力，不影响被告举证权利的行使。笔者认为，正是因为立法的粗疏及举证时限制度法律后果性质的定位分歧，才使这一制度在审判实践中有遭颠覆之险。如前文所述，被告违反举证时限的法律后果是证据失权而非证据失效，该观点之所以错误，就在于法理选择的根本性谬误。
2、该观点机械、片面地适用了《解释》第三十一条第一款的规定。一部法律或司法解释，要正确理解和适用其中的某项制度，必须将其放在整部法律或司法解释中全面参悟。仅仅抽出其中一条，而不考虑其与相关法条的联系，往往会有断章取义之嫌。被告违反举证时限制度，发生证据失权的法律后果，尽管被告负有举证责任，但已丧失了提出作出被诉具体行政行为时的证据之权利。在此情形下，法院依照被告举证时限制度的规定须作出相应的判决，其裁判的事实根据是什么，结合《解释》第二十六条和第三十一条第一款，笔者认为其裁判的事实根据是被告未在法定期限内向法院提供作出具体行政行为时的证据这一事实。庭审应当围绕被诉具体行政行为是否存在，被告是否违反举证时限制度以及逾期提交有无正当理由这些事实进行，而决非就被告出示的作出具体行政行为时的证据进行举证和质证。
在行政诉讼中，发生被告违反举证时限制度情形时，人民法院仍应开庭审理，但须根据不同情况适用相应的审理程序。具体运作程序可作如下设计：法庭审理阶段，首先应就被诉具体行为是否存在及其内容进行审查。然后，由原告宣读起诉书，被告进行答辩，第三人进行陈述。其后，合议庭向被告核实收到起诉状副本的时间及其向法院提交证据的时间和证据目录。待被告回答后，合议庭再询问被告违反举证时限有无正当理由。此时，可能出现两种情形：其一，如被告称无正当理由，审判长应直接宣布由于被告违反举证时限制度，发生证据失权，具体行政行为是否合法已经明了，可不再进入辩论阶段，直接进入最后陈述阶段。待当事人作最后陈述后，合议庭休庭进行评议，复庭后即可当庭确认以下事实：1、对被告是否实施了被诉具体行政行为及其内容的事实进行确认。2、对被告违反举证时限制度又无正当理由的事实予以确认。然后，依照行政诉讼法第五十四条第(二)项第1目、《解释》第二十六条的规定，判决被告败诉。其二，如果被告辩称其虽然违反举证时限制度但有正当理由，合议庭应令其就主张的正当理由当庭举证并由原的“正当理由”成立，即可按前述第一种情形的审理程序和步骤进行审理。如果认为被告提交的证据足以支持其主张，则应当庭对被告提交的证据效力及被告主张的正当理由予以认可，同时宣布被告逾期举证的行为由于有正当理由而不导致证据失权。随后的审理按照行政诉讼案件的一般审理程序进行即可。
