没收的投标保证金应根据情况归采购人、采购代理机构或财政部门所有。所谓“没收”，乃是《行政处罚法》规定的处罚行为之一。在政府采购投标中，显然采购人和采购代理机构不具备行政主体资格，不能实施行政处罚行为。所以投标保证金不能被采购人、采购代理机构或财政部门所“没收”。
财政部颁布的《政府采购货物和服务招标投标管理办法》，即财政部18号令认为，“不能把‘不予退还’投标保证金视为‘没收’”。财政部18号令规定，中标供应商有第七十五条规定的三种情形之一的，招标采购单位不予退还投标保证金。但同时，财政部18号令第七十六条规定，在政府采购中采购当事人有第七十五条违法情形之一，给他人造成损失的，应承担相应的民事责任。可以看出，第七十五条中不予退还投标保证金的做法，实际上是规定了投标人应承担的公法责任。也就是说，财政部18号令规定投标保证金在特定情形下具有公法惩罚的色彩。该规定违背了“处罚法定”的原则，违反了《行政处罚法》第十二条的规定，理应是无效的。所以，无论是采购人还是采购代理机构都不能“不予退还”投标保证金。那么，投标保证金到底应归于谁呢?只有明晰投标保证金的性质，才能回答投标保证金的归属问题。
在实际工作中，不论是《政府采购法》还是《招标投标法》，不论是货物、服务招投标，还是工程招投标，它的本质是一样的，都是搭建一个平台，创造一个公平、公开、公正的竞争环境，组织专家进行评标。所不同的是在工作内容，范围要求上有所区别。
在招投标工作中，招标人向投标人收取投标保证金是为了防止和弥补因投标人的过失行为而给招标人带来的损失，是为了维护正常的招投标秩序，所以不仅在政府采购货物服务招标中应当收取投标保证金，在工程招标中同样也应收取投标保证金;不仅是工程招标中涉及到合同履行，应收取履约保证金，在货物、服务招标中同样也涉及到合同履行，也应当收取履约保证金。特别是服务采购，它采购的是一个时期内的服务承诺，唯有通过收取履约保证金的方式才能促使供应商规范履行它的承诺。
关于供应商交纳的履约保证金，应该明确交纳的标准、方式、退还的期限，在供应商出现违约行为时，由于给采购人造成了经济损失，所以对扣除的履约保证金应付给采购人，采购人应给供应商出具符合财经制度要求的财务手续，不能仅凭一张通知、一个电话扣除履约保证金。
一、在《政府采购法》、《招标投标法》或相关配套的管理办法中应对投标保证金和履约保证金交纳的标准、方式、退还期限、不予退还的条件都应该明确，达到相互统一，以便在工作中贯彻执行。[page]
二、对于违规收取的保证金(投标保证金、履约保证金)应明确受益主体，避免产生利益之争。
三、各级财政部门作为政府采购的监督管理部门，应制定明确对于收取违约保证金的管理办法，加强财政监督，防止形成帐外资金、管理漏洞。
