适用一般程序的行政处罚案件是适用简易程序以外的行政处罚案件。具体讲有下面几种：
一是处罚较重的案件。所谓处罚较重，按行政处罚的种类来说，责令停产停业、没收违法所得、没收非法财物、暂扣或者吊销证照、行政拘留以及数额较大的罚款等行政处罚，是较重的行政处罚，应当适用一般程序。而警告，是较轻的行政处罚，一般当场作出处罚就可以了。按照行政处罚的幅度来说，罚款数额对公民在50元以上，对法人1000元以上的罚款行政处罚，也要适用一般程序，执法人员就不能当场作出行政处罚决定，必须报告行政机关，经过调查，依照一般程序依法作出行政处罚决定。给予公民警告及50元以下罚款以外的其他行政处罚，给予法人或者其他组织警告及1000元以下罚款以外的其他行政处罚，都要依照行政处罚法规定的一般程序实施处罚。
二是情节复杂的案件。行政机关需要经过调查，才能搞清案情，作出行政处罚决定的案件，不能简单适用简易程序，对于这类行政处罚案件，执法人员应当报告行政机关，按照一般程序处理。比如执法人员发现一书店出售淫秽书刊，执法人员当场查获的只有一两本，除了没收这几本淫秽书刊外，执法人员能不能对该书店当场作出处以一千元以下罚款的行政处罚？执法人员不能这样处理这个案件。对于这样的案件，执法人员虽然只查获一两本淫秽书刊，但还是应当查清其淫秽书刊的来源、出售的总量以及出版、印刷环节上的问题。这都需要进行进一步的调查，不能适用简易程序，当场作出行政处罚决定。
三是当事人对于执法人员给予当场行政处罚的事实认定有分歧而无法作出行政处罚决定的案件。执法人员在处理较轻的行政处罚案件时，尽管可以当场作出行政处罚决定，但是，遇有当事人认为执法人员认定事实有错误，而执法人员又与其争执不下，难以作出行政处罚决定时，应当提交行政机关，按照行政处罚的一般程序，经过调查取证，在查清事实的基础上作出行政处罚决定。应当说明，执法人员当场已经作出了行政处罚决定，而当事人对当场作出的行政处罚决定不服的，当事人应当依法申请行政复议或者依法提起行政诉讼，而不是由行政机关依照一般程序再次作出行政处罚决定。
