行政许可的设定权，是指哪一级国家机关有权设定行政许可、以何种形式设定行政许可、设定行政许可有哪些限制以及设定行政许可需要遵循哪些规则。它属于立法行为的范畴。这是行政许可法需要解决的又一个重要问题。经过反复研究论证，行政许可法对此从四个方面作了规定：
第一，行政许可的设定主体，就是有权设定行政许可的国家机关。行政许可法规定，全国人大及其常委会，国务院，省、自治区、直辖市人大及其常委会，省、自治区、直辖市人民政府，依照行政许可法规定的权限可以设定行政许可。其他国家机关，包括国务院部门，一律无权设定行政许可。
第二，行政许可的设定形式，就是什么样的规范性文件才能设定行政许可。行政许可法规定，法律，行政法规，国务院的决定，地方性法规，省、自治区、直辖市人民政府规章，在行政许可法规定的权限范围内可以设定行政许可;其他规范性文件，包括国务院部门规章，一律不得设定行政许可。
第三，行政许可设定权限。行政许可法对设定行政许可的权限作了三个方面的规定：
1、凡行政许可法规定可以设定行政许可的事项，法律都可以设定行政许可。
2、对可以设定行政许可的事项，尚未制定法律的，行政法规可以设定行政许可。必要时，国务院可以通过发布决定的方式设定行政许可，实施后，除临时性行政许可事项外，应当及时提请全国人大及其常委会制定法律，或者自行制定行政法规。
3、对于可以设定行政许可的事项，尚未制定法律、行政法规的，地方性法规可以设定行政许可;尚未制定法律、行政法规和地方性法规，因行政管理需要，确需立即实施行政许可的，省、自治区、直辖市人民政府可以设定临时性的行政许可。临时性行政许可实施满一年需要继续实施的，应当提请本级人大及其常委会制定地方性法规。但是，地方性法规、地方政府规章不得设定应当由国家统一确定的有关公民、法人或者其他组织的资格、资质的行政许可，不得设定企业或者其他组织的设立登记及其前置性行政许可。其设定的行政许可，不得限制其他地区的个人或者企业到本地区从事生产经营和提供服务，不得限制其他地区的商品进入本地区市场。
第四，设定行政许可应当遵循的规则。为了提高设定行政许可的合理性、可行性，行政许可法规定设定行政许可必须遵循下列规则：
1、设定行政许可，应当明确规定行政许可的实施机关、条件、程序、期限;
2、起草法律草案、法规草案和省级人民政府规章草案，拟设定行政许可的，起草单位应当采取听证会、论证会等形式听取意见，并向制定机关说明设定该行政许可的必要性、对经济和社会可能产生的影响以及听取和采纳意见的情况;[page]
3、行政许可的设定机关应当定期对其设定的行政许可进行评价，对于随着形势的发展不再需要实施行政许可的，应当对设定该行政许可的规定及时予以修改或者废止。实施行政许可的主体。行政许可作为一项重要的行政权力，原则上只能由行政机关实施。因此，行政许可法规定，行政许可由具有行政许可权的行政机关在其法定职权范围内实施。同时，从我国目前的实际情况出发，行政许可法又作了两点补充性规定。一是法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织，在法定授权范围内，以自己的名义实施行政许可;二是行政机关在其职权范围内，依照法律、法规、规章的规定，可以委托其他行政机关实施行政许可。
另外，为了方便群众，提高行政效率，根据行政管理体制改革的精神，行政许可法对行政许可的实施体制还作了三个方面的规定：
1、相对集中行政许可权。就是经国务院批准，省、自治区、直辖市人民政府根据精简、统一、效能的原则，可以决定一个行政机关行使有关行政机关的行政许可权。
2、“一个窗口”对外。就是行政许可需要行政机关内设的多个机构办理的，该行政机关应当确定一个机构统一受理行政许可申请，统一送达行政许可决定。
3、统一办理、联合办理或者集中办理。行政许可依法由地方人民政府两个以上部门分别实施的，本级人民政府可以确定一个部门受理行政许可申请并转告有关部门分别提出意见后统一办理，或者组织关部门联合办理、集中办理。
