往来港澳通行证有效期为５年。2014年９月15日，全面启用电子往来港澳通行证规定，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发５年有效通行证。
以1年1次为例，不是表示1年内只能去1次，而是指该签注的有效期为1年，在1年以内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。如果１年内不去，则该签注过期无效，可再次申请。
签注有效期过期后，需要重新签注。户籍地续签不用本人，只要通行证、银行卡、身份证／受理号。先上出入境管理局官网申请，等3-15个工作日后带通行证、身份证或受理号、银行卡去，自助柜员机凭身份证用银行卡付钱，然后把回执一联和通行证一起放进收证口，然后在那里排队拿回。
除此之外，也可以选双向快递，从网申到证寄回7-10天，但EMS做事有时不准时。不网申可以打11185申请，从申请到证寄回7-10天。证件递回签收时要出示申请人身份证。还可以去出入境厅的自助机上申请，但这个必须选单向快递。
现在全国有43个城市允许满足条件的非本市户籍人士办理，但要本人去，网上只能预约。要提供以下证件：就业人员（登记备案国家工作人员除外）要本人带户口簿、二代居民身份证、一年或以上有效的本市居住证、连续一年本市社保证，以上原件＋复印件去市出入境厅办理；在高等院校在读的非本市户籍大学生，本人持户口簿、二代居民身份证、学校出具的证明和学生证去市出入境厅办理。
公安部关于启用电子往来港澳通行证的公告
第四条根据《中华人民共和国出境入境管理法》的规定，经国务院批准，申领新版通行证应当按规定向公安机关留存指纹信息。已经留存指纹信息并符合内地和港澳地区主管部门规定条件的持证人，可以在出入境时使用自助查验通道办理出入境手续。
第五条 新版通行证有效期分为5和10年。申请人年满16周岁的，签发10年有效通行证；未满16周岁的，签发5年有效通行证。
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