行政机关实施行政许可，违反或者超过法定期限规定的，既构成程序违法，可能产生以下法律后果：
一是按着法律规定视为准予行政许可或者不予行政许可。
从实践情况看，行政机关逾期未作出行政许可决定，需区别不同情况，不能一概而论，不能一律视为准予行政许可或者不予行政许可，对于直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的行政许可事项，从实施行政许可的目的看，是需要严格管理的，对申请人的条件必须严格审查后才能决定是否予以行政许可，这种情况，行政机关逾期未作出许可决定应视为不予行政许可，这样比较符合行政许可的设定目标;同时对于少数不直接
涉及公共安全、人身健康、生命财产安全的行政许可事项，从便民的角度出发，行政机关超过法定许可期限，既不作出决定，又不向行政相对人说明理由的，可以视为准予行政许可，但是这种准予许可必须有法律、法规作出明确的规定。我国的一些法律、法规已有这方面的规定，如大气污染防治法规定：“需要拆除或者闲置大气污染物处理设施的，必须提前向环保部门申报，环保部门接到申报后，应当在一个月内予以批复，预期不批复的，视为同意”;集会游行示威法规定：“主管机关接到集会、游行、示威申请书后，应当在申请举行日期的2日前，将许可或者不予许可的决定书面通知其负责人。不许可的，应当说明理由。逾期不通知的，视为许可。”
二是申请人可以对行政机关的不作为申请行政复议、提起行政诉讼。
行政机关违反或者超过法定期限规定不予作出决定，即构成行政不作为，根据行政法学理论，行政机关的不作为属于具体行政行为，行政相对人对行政机关的具体行政行为不服可以依法提起行政诉讼或者行政复议。行政诉讼法第2条规定公民、法人或者其他组织认为行政机关及其工作人员的具体行政行为侵犯其合法权益的，有权提起行政诉讼。第11条第4项规定认为符合条件申请行政机关颁发许可证和执照，行政机关拒绝颁发或者不予答复的，当事人有权提起行政诉讼。对此行政复议法、行政许可法也做出了相应的规定。依据上诉规定当事人有权对行政机关的不作为提起复议或者诉讼，这样必然会给行政机关带来败诉的法律后果。
三是行政许可申请人因行政机关不作为受到损害的，行政机关应依法承担赔偿责任。
申请人申请行政许可，行政机关不作为的行为属于该机关在实施行政许可过程中的违法行为，行政许可法第7条规定申请人的合法权益因行政机关违法实施行政许可受到损害的，有权依法要求赔偿。 同时第76条还规定行政机关违法实施行政许可，给当事人的合法权益造成损害的，应当依照国家赔偿法的规定给予赔偿。
四是对违反期限规定实施行政许可的行政机关工作人员，可以依法给予行政处分。对此行政许可法第72条作出了规定。
