根据不同的标准，可以对行政许可作不同的分类。学理上对行政许可的分类主要有：
（1）行为许可与资格许可。行为许可是直接允许申请人从事某种活动，资格许可是赋予申请人某种资格。其实，取得某种资格的目的也是为了从事某种活动，只是许可的直接程度不同。
（2）依据审批程序的宽严或者特定对象，可以分为普通许可和特别许可。
（3）排他性许可和非排他性许可。按照许可之后，是否还批准其他人的许可申请，可分为排他性许可和非排他性许可。
（4）根据许可证的证明程度，可以分为独立许可和附文件的许可。
（5）根据许可是否附有相应的义务，可分为权利性许可和附义务许可。
在现行法律、法规和实际做法中存在审批、审核、批准、认可、同意、核准、登记、备案等名目繁多、称谓各异的许可形式。实际中出现多种形式的许可，一方面是由于行政管理对象的多样性，产生行政管理方式的多样性；另一方面是由于对行政许可的设定和实施不规范。
行政许可法草案曾将行政许可分为普通许可、特许、认可、核准和登记五大类。其中普通许可适用于准予符合法定条件的自然人、法人或者其他组织从事特定活动的事项；特许适用于赋予自然人、法人或者其他组织的特定权利并且具有数量限制的事项；认可适用于赋予自然人、法人或者其他组织特定资格、资质的事项；核准适用于对特定物的检验、检测和检疫等；登记适于确定企业或者其他组织的主体资格。由于这种分类，存在很多不同意见，并且确定科学分类的主观条件和客观条件不成熟。因此，在立法决策上，最后取消了分类，用统一的行政许可概念来表达所有的行政许可现象。
在行政许可分类中，有一种分类是比较普遍的，即普通许可和特许。这种分类对认识和理解行政许可的性质是很有益的。对什么是特许，有两种观点：一种观点认为是指对有害于社会或者社会不期待的事项，法律一般予以禁止，在特殊情况下，解除禁止。如排放污染物、制造和持有管制刀具、从事博彩业等。另一种观点认为特许是指国家赋予私人公营事业经营权的行为。如对私人经营电、煤气、自来水等公共服务业的许可。其前提是法律禁止这些领域私人经营，国家有独占的经营权。后来其范围又扩大到国家所有的自然资源的开发利用和公共资源的配置等。这种特许的观点，实质是特许的适用范围不同，但它们也有共同点，即特许在程序上比较严格。普通许可相对于特许，也就是除去特许之外的所有许可，这是一种通常的理解。另外还有一种观点认为，普通许可是众多许可种类中的一种，行政许可法原草案就是这样规定的。对行政许可不同类别的了解，有助于认识行政许可。
无论是将行政许可分为普通许可和特许，还是划分为其他种类，从认识论上来说，是为了认识行政许可，把握其不同侧面；从立法上来说，对行政许可进行分类，就是为了分类规范和分类指导，规定出不同的程序。由于行政许可现象的多样性和复杂性，各类所适用的特别程序具有不确定性，因此立法上分类意义不大，并且分类容易引起某一类别是否属于行政许可的争议，最终行政许可法没有采取分类的办法。
