一是地方性法规不得设定应当由国家统一确定的公民、法人或者其他组织的资格、资质的行政许可。例如，《深圳经济特区实施<中华人民共和国教师法>若干规定》第6条规定在特区学校从事教育教学、研究工作的教师必须具备教师资格，《深圳经济特区市容和环境卫生管理条例》第66条规定了环卫清洁服务企业资质认证，这些地方性法规设定的有关资格、资质的行政许可不符合行政许可法的规定。
二是地方性法规不得设定企业或者其他组织的设立登记及其前置性行政许可。例如，《深圳经济特区旅游管理条例》第16条规定了设立旅游饭店及饭店管理公司的前置性审批，该规定不符合行政许可法的规定。
三是地方性法规设定的行政许可，不得限制其他地区的个人或者企业到本地区从事生产经营和提供服务。例如，《深圳经济特区施工企业管理规定》第6条规定对外地施工企业实行单项工程许可和长期许可，具体实行外地企业单项登记和年度登记，这种许可设定不符合行政许可法的规定，应当予以取消。
四是地方性法规设定的行政许可，不得限制其他地区的商品进入本地区市场。限制其他地区的商品进入本地区市场是一种典型的地方保护主义，既不符合市场经济规律和WTO自由贸易精神，也不利于全国统一市场的建立。我市曾于2001年对照WTO协议和我国入世承诺对我市法规进行了清理，其中涉及地方保护主义的条款已基本被清理完毕。
我市在此次行政审批制度改革中，严格依照行政许可法的规定对我市行政审批事项进行了清理，对于上述不符合行政许可法规定的审批事项将一律予以取消，并同时对我市地方性法规作出相应修改。
