一、行政许可案件的被告
(一)一般情形
通常，公民、法人或者其他组织对属于行政许可诉讼受案范围的行政行为提起行政诉讼的，应以作出该决定或行为的机关为被告。
(二)特殊情形
1、经上级批准、由下级决定的被告确定。实践中，一些行政许可依法须经上级行政机关批准，而后由下级机关作出决定。对此情形，当事人原则上应以作出行政许可决定的下级机关为被告。但是，如当事人对批准或者不批准行为不服一并提起诉讼的，以上级行政机关为共同被告。
2、下级初审，上级决定的被告确定。行政许可依法须经下级行政机关或者管理公共事务的组织初步审查并上报，当事人对不予初步审查或者不予上报不服提起诉讼的，以下级行政机关或者管理公共事务的组织为被告。当然，当事人只对最终决定不服，则应以最终作出决定的上级机关为被告。
3、统一办理行政许可的被告确定。对行政机关依据行政许可法第26条第2款规定统一办理行政许可的，当事人对行政许可行为不服提起诉讼，以对当事人作出具有实质影响的不利行为的机关为被告。
二、行政许可案件的被告不履行举证责任及处理
根据行政诉讼法及相关解释的规定，对被诉具体行政行为的合法性，由被告承担举证责任；被告未在法定期限内提供证据的，视为被诉具体行政行为没有证据。这一要求在多数行政案件中，尤其是被诉行政行为为不利决定时，对保护当事人合法权益有十分积极的意义。不过，行政许可这类授益行政行为略有特殊。虽然毫无疑问，此类行为一旦被诉，理应由被告承担举证责任。但若出现被告不履行举证责任，法院便认定被诉行为没有证据，往往将直接对行政许可申请人或利害关系人的合法权益造成不利影响。
因此，《许可规定》结合行政许可案件的特殊性，设置了特殊规则。“被告不提供或者无正当理由逾期提供证据的，与被诉行政许可行为有利害关系的第三人可以向人民法院提供；第三人对无法提供的证据，可以申请人民法院调取；人民法院在当事人无争议，但涉及国家利益、公共利益或者他人合法权益的情况下，也可以依职权调取证据。”如果“第三人提供或者人民法院调取的证据能够证明行政许可行为合法的，人民法院应当判决驳回原告的诉讼请求”。
