两者的区别主要表现在以下三个方面：
(一)适用范围不同：行政审批的适用范围较宽,可以归入行政审批的项目种类按照目前的统计不下于50种，甚至包括推荐、命名、备案、证明等。而根据《行政许可法》第二条的规定，行政许可大体上可以分为五类： 1、普通许可：直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控，生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等特定活动，需要按法定条件予以批准的事项。例如，食品卫生许可、危险化学品的生产销售许可等。这类许可依法律规定的条件规定，并无数量上的限制。
2、特许：有限自然资源的利用、公共资源的限量以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项。例如：采矿许可，取水许可，海域使用许可，无线电频率许可(垄断行业)等。这类许可一般有数量限制，应当通过招标、拍卖的方式决定。
3、认可：提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业，需要确定具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项。例如：医师、律师、会计师资格，建设企
业的资质等。这类许可事项一般应通过考试、考核等方式决定。
4、核准：直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品需要按照技术标准、技术规范，通过检验、检测、检疫等方式进行审定的事项：如电梯运行的核准，动物及动物产品的检疫等。
5、登记：企业或者其他组织的设立等，需要确定主体资格的事项，这类许可主要是形式审查。
(二)设定的条件不同。行政许可是一项重要的行政权力。《行政许可法》规定：只有法律、行政法规和国务院有普遍约束力的决定可以设定行政许可，地方性法规可以依据法定条件设定行政许可，地方政府规章可以依据法定条件设定临时性行政许可。其他规范性文件一律不得设定行政许可。
而行政审批事项的设定，法律并无严格限制，各级行政机关(也包括非行政机关)都可以设定审批事项。
(三)指向的对象不同：行政审批的对象十分宽泛，除了公民法人和其他组织外，还包括行政机关本身。它不仅涉及外部对象，也涉及行政机关内部事项;而按照《行政许可法》(第三条)的规定，行政许可的对象仅仅是公民法人和其他组织，并不包括行政机关对其他机关或者其直接管理的事业单位的人事、财务、外事等事项的审批，当然也不包括行政机关的内部审批事项。
行政许可与行政审批有差别，行政许可是行政审批的一部分。行政许可与行政确认也是不同的，如果相对人的权利形成于行政机关作出决定之前，则是行政确认，如果相对人的权利产生于行政机关作出决定之时，则是行政许可。行政许可与行政登记也是不同的，一是行政登记没有裁量权，行政许可有裁量权。
从学理角度而言，两者是有区别的。范围上，行政审批比行政许可要广泛。行政审批的内容包括所有的内外部行政管理事务。就省一级政府而言，其所属各厅、局有关国有资产管理和投资、工程建设、项目开发、大额资金投放和使用、机构的设置与撤销、职权的下放与上收等，均须经行政审批。另外，在某一厅、局内部，负责人的意见签署、公章的加盖也包含在广义的行政审批当中，而行政许可则主要限于外部行政行为;行为性质上，行政审批既能排除不作为义务，也可免除作为义务，如批准减免税费。行政许可则主要是排除不作为义务，是行政机关依照法定职权，对社会进行管理过程中，依行政相对人的申请作出的具体行政行为，它不包括行政机关对所属的企业、事业单位，或者说作为出资人对所属的企业、事业单位日常管理所作的审批决定;程序上，行政许可意味着行政申请的最终结果，而一个行政许可的取得，有时须先经过若干部门的若干道行政审批手续、程序。
行政审批意味着行政职权的行使，立足于行政机关方面，行政许可则更多地体现出从相对方的角度去说明这类行政行为。在行政法律体系中，对社会组织或者个人(行政许可相对人)是否符合从事某一活动的权利资格和行使权利的条件进行审查核实的一种事前控制手段就是行政审批。其中，行政机关根据公民、法人或者其他组织的申请，经依法审查，准予其从事特定活动的行为，叫作行政许可。行政许可项目必须有法律授权;而一些领域中需要进行资格核查管理的项目，因为尚未立法明确，由有行政管理权限的机关比照行政许可的原则和程序，进行行政审批，定义为非许可类行政审批。
