这一问题首先体现在对具体行政行为的合法性审查方面。尽管《行政复议法》与《行政诉讼法》都规定了对具体行政行为的合法性审查。但是，两者对合法性中的“法”的认识和理解不一致。由于具有法律效力的规范性文件除了法律、法规和规章外，还包括不具有法律形式但事实上具有法律效力的行政决定、命令、规定、解释等等，而且这些规范性文件数量极大，它们同样成为行政机关作出具体行政行为的重要法律依据。但是，在法律意义上，它们能否被视为法律文件呢?错误适用这些非法律形式的规范性文件是否构成行政行为的违法呢?这是在审查具体行政行为合法性时必须解决的问题。《行政复议法》和《行政诉讼法》对此的认识是不一致的。《行政复议法》采广义解释，即将非法律形式的规范性文件也视为“法”，因此，只要具体行政行为适用这些规范性文件正确，复议机关应视该行政行为合法，反之，若复议机关认为行政行为适用这些规范性文件错误，则构成行政行为的违法，正因为如此，《行政复议法》将“适用依据错误”作为判断具体行政行为违法的情形之一。
与此相反，《行政诉讼法》则对具体行政行为的法律适用采严格解释，即将非法律形式的规范性文件明确排除在“法”的范围之外，正因为如此，《行政诉讼法》仅仅将“适用法律、法规错误”作为判断具体行政行为违法的情形之一。立法上的这种分歧导致行政复议与行政诉讼在审查具体行政行为的法律适用时发生了脱节并有可能导致审查结果的矛盾和冲突：在行政复议中，如果一项具体行政行为仅适用了非法律形式的规范性文件而没有适用法律、法规或者规章，只要复议机关认为它的适用正确，即可维持该具体行政行为，但如果相对人不服而进入行政诉讼，法院即应以无法律、法规根据而撤销该具体行政行为;相反，如果一项具体行政行为同时引用了法律、法规、规章及非法律形式的规范性文件，而该行政行为引用法律、法规或者规章正确但适用非法律形式的规范性文件错误，那么，根据《行政复议法》的规定，复议机关应以“适用依据错误”撤销该具体行政行为或确认该行政行为违法，但若该行政行为再进入行政诉讼，因为该行政行为适用法律、法规或规章正确，即应维持该具体行政行为，因为适用非法律形式的规范性文件错误并不是《行政诉讼法》规定的撤销具体行政行为的法定理由而仅仅是行政行为法律适用中的瑕疵。
不仅如此，两法对极不合理的行政行为的认识和处理也不一致。《行政诉讼法》将极不合理的行政处罚称为“显失公正”，而《行政复议法》则将极不合理的行政行为称为“明显不当”。“明显不当”与“显失公正”的含义是否完全吻合呢?如果它们在立法上的含义是一致的，那么，行政复议与行政诉讼对它们的处理又是不一致的。对于明显不当的具体行政行为，复议机关除可以决定撤销、或者确认其为违法外，还可以变更;而在行政诉讼中，人民法院对显失公正的具体行政行为除行政处罚可以判决变更外，其他的只能维持或者撤销，也就是说，在行政诉讼中，人民法院对显失公正的具体行政行为的变更权是极为有限的，而行政复议则可以针对所有明显不当的行政行为进行变更。[page]
行政复议与行政诉讼审查范围的脱节还体现在对具体行政行为合理性的审查方面。按照《行政复议法》第1条的规定，行政复议对具体行政行为的审查包括行政行为的违法和不当两个方面，而按照《行政诉讼法》第5条的规定，人民法院审理行政案件，只对具体行政行为是否合法进行审查，这就意味着复议机关对不当的行政行为作出的复议决定，当事人不能诉请司法救济。①
此外，行政行为的瑕疵除了违法和不当外，还包括行政行为因欠缺成立要件或者生效要件而不成立或者无效的情形，这种情形在我国立法上已有规定，譬如《行政处罚法》第41条规定：“行政机关及其执法人员在作出行政处罚决定之前，不依照本法第三十一条、第三十二条的规定向当事人告知给予行政处罚的事实、理由和依据，或者拒绝听取当事人的陈述、申辩，行政处罚决定不能成立”，再如《行政处罚法》第3条第(2)款规定：“没有法定依据或者不遵守法定程序的，行政处罚无效”。既然行政行为在客观上存在着这些法定瑕疵，那么，它同样应纳入行政审查或者司法审查的范围，②然而，后于《行政处罚法》通过的《行政复议法》对不成立或者无效的行政行为竟未有规定，这就使得复议机关对这一类行政行为的复议失去了法律依据，而最高人民法院的司法解释对如何审查和处理这一类行政行为倒做了相应规定，依据该解释第57条的规定，被诉具体行政行为依法不成立或者无效的，人民法院应当作出确认具体行政行为违法或者无效的判决。
