房屋有部分违建的，对合法部分的房屋存在权属争议的，利害关系人可以申请房屋确权。
《中华人民共和国民法典》第二百三十三条 【物权纠纷解决方式】物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。
第二百三十四条 【物权确认请求权】因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。
《中华人民共和国行政强制法》第四十四条 对违法的建筑物、构筑物、设施等需要强制拆除的，应当由行政机关予以公告，限期当事人自行拆除。当事人在法定期限内不申请行政复议或者提起行政诉讼，又不拆除的，行政机关可以依法强制拆除。
拆迁过程中，拆迁人多依据《城乡规划法》等规定，直接认定无房产证的房屋是违法建筑，这种做法是错误的。违法建筑的认定主体、认定程序必须符合法律规定。未经产权登记的房屋并非均属违法建筑，也并非所有违法建筑都须拆除。征收范围内的房屋情况复杂，尤其是城中村或旧城区，存在大量因历史原因未依法办理产权登记或依法未办理审批许可手续的建筑，对征收范围内的此类建筑，政府应当组织有关部门依法进行调查、认定和处理。
一般是由行政机关经调查取证，确认建筑物违章后，对违章搭建人作出责令停止违法行为通知书，责令其停止违法建设行为。
搭建人拒不拆除违章建筑的，行政机关在作出行政处罚决定前，依法向其发出行政处罚告知书，告知拟处罚结果和被处罚人陈述、申辩等权利。法律设定告知程序的主要目的是为了实现处罚公开，保护当事人陈述权、申辩权的充分行使。
当事人逾期拒不拆除的，除法律另有规定外，由行政机关依法申请人民法院强制执行。
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