特殊物流，是指专门范围、专门领域、特殊行业，在遵循一般物流规律基础上，带有特殊制约因素、特殊应用领域、特殊管理方式、特殊劳动对象、特殊机械装备特点的物流。特殊物流活动的产生是社会分工深化、物流活动合理化和精细化的产物，在保持通用的、一般的物流活动前提下，能够有特点并能形成规模，能产生规模经济效益的物流便会形成本身独特的物流活动和物流方式。
特殊物流按特殊的领域有军事物流、废弃物物流等，本文就军事物流与废弃物流作出详细的阐述：
军事物流
军事物流学(Military Logistics)，是计划与执行军事部队的运输与维护的艺术与科学。浅显的说就是军事行动中的：
物料的研发设计，筹措，仓储，配送，维护，撤离与处置
人员的运输，撤离，医护
设施的建造，维护，运作与处置
服务的筹措与提供
物流是一门精确的科学。对于物料或服务的种类、时间、地点等要求并有数学公式或表格协助求解。因此负责的军官要并用科学与直觉。他们不但需要专业知识，也要知道军事行动其他部分的相互关系。
物流系统也可像互联网般，促进全球化。若要更进一步与世界连系，就得靠良好的物流管理系统。物流师即是负责物流系统管理的专才。物流的专业领域中，单是硬件设施是不足够的，最重要的是海、陆、空、火车，即所有运输线的联系(Connectivity)，同时也不可忽略货仓的重要性。
废弃物流
废弃物流是指将经济活动中失去原有使用价值的物品,根据实际需要进行收集、分类、加工、包装、搬运、储存等,并分别送到专门处理场所时所形成的物品实体流动。它仅从环境保护的角度出发,不管对象物有没有价值或利用价值，而将其妥善处理,以免造成环境污染。
随着科学技术的发展和人民生活水平的提高，人们对物资的消费要求越来越高：既要质量好又要款式新。于是被人们淘汰、丢弃的物资日益增多。这些产生于生产和消费的过程中的物质，由于变质、损坏，或使用寿命终结而失去了使用价值。它们有生产过程的边角余料、废渣废水以及未能形成合格产品而不具有使用价值的物质;有流通过程产生的废弃包装材料;也有在消费后产生的排泄物：如家庭垃圾、办公室垃圾等。这些排泄物一部分可回收并再生利用，称为再生资源，形成回收物流。另一部分在循环利用过程中，基本或完全丧失了使用价值，形成无法再利用的最终排泄物利用，即废物。废弃物经过处理后，返回自然界，形成废弃物流。
