我国刑事、民事、行政三大诉讼法均规定“鉴定结论”是证据的一种；而证据又是法院正确认定案件事实，公正及时审判的依据，是胜诉或败诉的关键。可见，是司法制度的重要组成部分，自然也是司法制度改革的内容之一。
国务院机构改革时，于1998年7月批准司法部“三定”方案中赋予司法行政机关一项新的职能，即“指导面向社会的司法鉴定工作”。司法部积极履行了这一职 能，在较短的时间内做了大量的调查研究工作，广泛征求了各方面的意见，几经修改，制订了《司法登记管理办法》和《司法鉴定人管理办法》及《司法鉴 定程序通则（试行）》（以下简称“两个办法、一个通则”），并已付诸实施。
长期以来，我国司法鉴定体制改革总是徘徊不前，从鉴定机构的设立、鉴定人准入的标准，到、鉴定效力、鉴定责任等都缺乏统一的规范，造成重复鉴定、多头鉴定、相互矛盾、各执一词，严重妨碍了正常诉讼程序，影响了司法审判的公正和效率。
“两个办法、一个通则”颁布后，省、自治区、直辖市按照“两个办法、一个通则”对司法鉴定机构进行了整顿。许多省、市都组织了本地域权威性高、协调能力 强、指导范围广的司法鉴定协调指导机构，部分省、市制定了地方性的司法鉴定管理条例，有的还组建了司法鉴定中心。这不仅提高了司法鉴定的质量，同时也使得 司法鉴定工作朝着科学、高效、公正的方向发展。
但不容乐观的是，随着我国加入世贸组织，我国与世界经济往来更加频繁，涉外民商案件以及各类刑事、行政案件都要相应增多，司法鉴定范围必然相应扩大。加入 世贸组织对我国司法鉴定工作提出了严峻的挑战。因此设立国家司法鉴定管理局，统一领导、统一管理全国的司法鉴定工作，这是加入世贸组织后中国确保司法独立 与公正的内在需要，也是规范全国司法鉴定工作有序、健康发展的必然要求。
目前我国司法鉴定机构分别设立在公安、法院、检察、卫生局、劳动局、技术监督局、房地产局等单位，还有研究所和大学院校。对这些鉴定机构和鉴定人员若不进行有效地监督和管理，就难以走出以往的司法鉴定误区和怪圈，必然影响司法鉴定的公信力。
另一个挑战也不可忽视。最高人民法院“关于民事诉讼证据的若干规定”中第25至29条规定对鉴定机构和鉴定人资格要进行严格审查；第59至61条规定在庭 审质证时，鉴定人要接受当事人的质询和提问，特别是还要接受特聘的专家的询问。这意味着今后鉴定人不但要出庭，还要接受质询提问，直面法庭，这是一个十分 严峻的挑战和考验。
