由于司法会计鉴定与审计有以上诸多共性，因而无论已发表的理论的研究成果还是司法实践中，常出以审计取代司法会计鉴定的情形。这些认识和做法不仅违反了有关诉讼法律规定，而且对于司法会计鉴定理论的发展和司法实践都产生了消极后果。因此，有必要就司法会计鉴定与审计在概念、操作及结论的诉讼意义等方面进行具体的划分，以便于正确地理解和使用司法会计鉴定来查明事实，正确地处理案件。
(一)概念差异
司法会计鉴定，是指诉讼机关为了查明案情，依法指派或聘请具有司法会计专门知识的人员，依据司法会计技术标准，通过检验财务会计资料，对案件中的财务会计问题进行技术鉴定的一项诉讼活动。是诉讼机关依法采取的一种诉讼措施。
审计，是指审计机构根据需要或接受委托，指派专业人员依据审计标准，通过审查被审单位的财务会计资料和有关经济活动，提出意见和结论的一种经济监督、鉴证和评价活动。
根据上述定义，司法会计鉴定与审计的概念存在着以下差异：
(1)社会活动的属性不同。司法会计鉴定是一种法律诉讼活动，审计是一种社会经济监督、鉴证和评价活动。
(2)。社会活动的范围不同。司法会计鉴定从属于法律诉讼活动，它不属于独立的社会活动，而只是围绕案件所涉及的财务会计问题进行鉴别判断活动;审计是一项独立的社会活动，它涉及经济的各个方面。
(3)目的不同。司法会计鉴定的目的是为了查明案情，审计的目的则具有多样性，如监督经济活动、鉴证经济业务、评价财务会计报告等。
(4)组织机构不同。司法会计鉴定是由司法机关主持进行的，审计是由审计机关或审计中介机构主持进行的。
(5)基本法律依据不同。司法会计鉴定是依据国家的诉讼法律的规定实施的，审计是依据国家的审计法律实施的。
