工程造价既是工程造价咨询业务技术性工作，同时也是司法审判工作的重要证据，因此，工程司法鉴定的工作程序必然具有两者结合的特点。
工程造价司法鉴定的基本程序可分为两个基本阶段。第一阶段以委托和受理为开端，到出具司法鉴定初稿结束。司法鉴定人的主要任务是收集工程造价鉴定计算的事实依据，依据有效的证据进行专业鉴定计算。第二阶段从当事人对司法鉴定初稿提出书面异议开始，到庭审质证后结束。其主要目的是通过当事人对鉴定报告提出疑议，解决工程造价依据的事实问题、计算准确性问题、适用的规范问题，司法鉴定人在充分听取当事人的申辨及对报告异议的基础上，根据委托鉴定的内容，对鉴定报告初稿进行修改，出具工程造价司法鉴定报告。
第一阶段具体程序如下：
鉴定委托。
受理委托。
确定工程造价司法鉴定人员。
查阅案卷。查阅案卷是进行工程造价司法鉴定的首要工作。在一般的建筑工程造价审计中，结论大多是固定格式化的，而在司法鉴定中的工程造价问题都具有特殊性和个别性，只有深入了解案卷的基础上，才能有正确的思路，明确争诉的焦点，为鉴定工作的开展奠定基础。
召开当事人会议，并作好询问笔录(若当事人申请鉴定人回避，则重新确定工程造价司法鉴定人员)。
现场勘探、证据调查。这是工程造价司法鉴定中的一个重要环节，它直接影响鉴定结果的正确性。对一些在案件上无法真实反映的工程事实，鉴定人必须到现场勘探、调查，并作好相关记录，可辅之于拍照、录象等方式。如笔者实施的《温州市华东电脑设备公司综合楼和厂房工程造价审核》的司法鉴定中，由于在实际施工过程中施工方应业主方要求，变更了很多工作内容，但施工方又未及时补设计变更图和签证，而业主方在法庭质证中也认可这一事实。在这种情况下，笔者二赴温州，除了现场实地测量外，又对其变更部分工作内容拍片和录像，给本次工程造价司法鉴定审核报告提供事实依据。
若鉴定人对鉴定中有质疑问题，向当事人发出询证函，并要求在规定期限内答复。
工程量计算、定额套用、费用计取和造价计算。
出具司法鉴定初稿。
第二阶段具体程序如下：
当事人对司法鉴定初稿提出书面异议。
听证质疑(当事人提出异议主张及证据，并对其进行申辩陈述)。司法鉴定人应全面认真听取当事人的异议、反驳申辩理由，并作好相应的记录。
工程造价司法鉴定人员对鉴定初稿进行审查修改。
