法官二审不同意司法鉴定，可以向上一级法院重新申请或者视法官给予的理由采取不同的办法去解决。
在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。或者说，司法鉴定是指在诉讼过程中，对案件中的专门性问题，由司法机关或当事人委托法定鉴定单位，运用专业知识和技术，依照法定程序作出鉴别和判断的一种活动。
根据《证据规定》第二十七条、第二十八条的规定，当事人申请重新鉴定的情形为：当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议而申请重新鉴定；一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人不服该鉴定结论并申请重新鉴定。
１、坚持申请重新鉴定
首先要取得法官对重新鉴定申请的支持，不能单纯的只是提出申请，而要围绕重新鉴定申请准备充分合理的理由，要尽量搜集证据。
２、向司法行政机关投诉反映
向司法行政机关投诉反映，以达到撤销违法司法鉴定结论的目的。如果司法鉴定机构违法违纪进行司法鉴定活动，则可以向省级司法行政部门投诉。司法行政部门可以对其违法行为进行调查和处理，从而使得原鉴定结论作废或者司法鉴定结构主动撤销违法的鉴定结论。
３、主动搜集其他证据以推翻鉴定结论
正规的司法鉴定意见书首页会有一份“声明”，其内容往往包括什么委托人应当向鉴定机构提供真实、完整、充分的鉴定材料，并对鉴定材料的真实性、合法性负责之类的话语。如果能够搜集到有关否定检材真实、完整、充分、合法的证据，则鉴定意见自然就失去基础，不能作为定案证据。
根据《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》规定，具有下列情形之一的鉴定委托，司法鉴定机构是不会受理的：
１、委托事项超出本机构司法鉴定业务范围的；
２、鉴定材料不真实、不完整、不充分或者取得方式不合法的；
３、鉴定事项的用途不合法或者违背社会公德的；
４、鉴定要求不符合司法鉴定执业规则或者相关鉴定技术规范的；
５、鉴定要求超出本机构技术条件和鉴定能力的；
６、不符合本通则第二十九条规定的；
７、其他不符合法律、法规、规章规定情形的。
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