现在司法鉴定机构的选择有三种方式。
第一，法庭指派。条件是原、被双方都同意法庭指派，如果成立，法庭可以选择任何一个鉴定机构。优点是法庭可以选择水平高、信任度强的鉴定机构，使法官在审判中更易把握。
第二，原被双方共同指定。条件是双方都要求去一家指定的鉴定机构去鉴定，如果成立，法庭必须指派这个机构，不能自由选择。优点是非常公平，双方都能接受。
第三，随机摇号。条件是双方没有要求相同的鉴定机构，则由法院摇号指定。这样做的优点在于选择面宽，随机性更大一些。而缺点在于参与摇号的鉴定机构虽然同属一个执业资格类别的鉴定范围内，但是各个鉴定机构分别都有自己擅长的方面，如果将某一专业领域的案子通过摇号的方式选定并非这一领域专长的鉴定机构进行鉴定，最终损害的可能还是双方当事人的利益。
原被告双方还是对于涉案案件应有充分的认识，提前了解国内有资质的鉴定机构，在法庭审理过程中，双方可选择第二种共同指定鉴定机构的方式，向法院提供3个左右的具有相关资质的鉴定机构，让法院在双方提供的重合的鉴定机构中指定，此种方法较为妥当，有利于确定相应鉴定资质的鉴定机构，以向法院提供客观、公正的鉴定意见。
1、当事人申请鉴定，应当在举证期限内提出。
2、申请鉴定时，要预交鉴定费用，并提供相关材料。
3、当事人申请鉴定经法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成时，由人民法院指定。
4、当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：
（1）鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的。
（2）鉴定程序严重违法的。
（3）鉴定结论明显依据不足的。
（4）经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。
5、对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定。
一方向法院依法申请司法鉴定，此鉴定必须对方配合才能完成，如笔迹鉴定，亲子鉴定等等，对方拒绝配合，会导致鉴定无法实施，无法认定需要通过鉴定确定的案件事实的结果。此时应当推定申请鉴定一方所主张的待鉴定案件事实成立。因为负有举证责任一方在向法院申请鉴定并得到法院准许时，已经完成举证义务，此时举证责任转移到应当配合鉴定的另一方，另一方只有配合鉴定才能完成其举证义务，其拒不配合鉴定，视为放弃举证，应当对案件事实的举证不能承担不利后果。即，可推定申请鉴定一方主张的案件事实成立。
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