擅自接受当事人提单方提供的所谓证据，使得鉴定结论不客观、不公正。有的鉴定机构在鉴定过程中，不通过法院对于当事人提供的证据随时接收，把一些未经过法定程序质证的证据直接当成检材用，使鉴定出现偏差。
鉴定机构越俎代庖，代行裁判权和质证权。如取费问题案。有的鉴定机构不能正确界定自己的位置和履行职责，而是代为裁判。或受当事人一方之请，随意出具鉴定结论，给案件处理带来难度。如原告四川某公司诉某银行建设工程施工合同纠纷案，双方合同明确约定，某公司为给银行优惠，取费按照自己资质(二级资质)下浮一级即三级取费。但在法院委托鉴定机构对工程造价进行鉴定时，鉴定机构却按二级进行取费。在法院要求其进行更正时，鉴定机构还坚持认为施工单位是二级资质，按规定就应是二级取费，在这里，鉴定机构就超越了其职权范围。
随意延长鉴定期限。有的案件在鉴定机构就长达半年以至更长时间，严重托延周期，给案件办理造成难度。《司法鉴定程序通则》第二十六条规定：司法鉴定机构应当在与委托人签订司法鉴定协议书之日起三十个工作日内完成委托事项的鉴定。鉴定事项涉及复杂、疑难、特殊的技术问题或者检验过程需要较长时间的，经本机构负责人批准，完成鉴定的时间可以延长，延长时间一般不得超过三十个工作日。司法鉴定机构与委托人对完成鉴定的时限另有约定的，从其约定。实践中，鉴定机构并未严格按照规定的期限完成鉴定，而是随意拉长鉴定期间，何时出结论由其说了算，人民法院也很难监督按期完成。
