协商不成的，应向法院起诉。
１、可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院。
２、拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起两年内到法院起诉。凭借欠条可以直接起诉建设单位，但是应当尽可能提供施工合同，竣工结算文件。
３、起诉时尽量申请财产保全，查封被告名下账户，可以保障案件判决的顺利执行。
大多数拖欠工程款已历时相当久，甚至超过两年，有的甚至达到十年之久。拖欠太久的工程款，承包商经常因法律意识淡薄或碍于情面怕影响与建设方的关系等原因而错过诉讼时效。
在此有必要提醒：工程欠款的诉讼时效为两年，从知道或应当知道拖欠行为起算。
我国法律规定诉讼时效可以通过一定的主张权利行为得以中断，中断后诉讼时效可以重新计算。
因此，各承包商可以采取书面发函（对方一定要签收或采取挂号信等形式证明已送达）、向清欠主管部门及相关部门投诉（一定要有书面记录）、与发包方补充协议或签订还款协议等办法，使诉讼时效中断。
１、录音催讨法：有一个工程尾款几十万元拖欠长达10年未还。施工方利用最高人民法院《关于民事证据若干问题的规定》中允许的方式，采用电话录音、录像，取得了时效中断的视听证据。通话主要内容应包含：一是对方欠款数额；二是施工方自何时以来一直在主张债权；三是何时归还欠款。
２、银行转账法：如某工程业主拖欠几十万元工程款，８多年来业主以各种借口推拖不还，也不作对账记录，致使债权超过了诉讼时效期。为了获得证据，施工方可以确立了首先派人去对方单位清欠，对方能给多少就要多少，但是不拿现金，要求从银行走汇票，想方设法恢复诉讼时效。
３、协商对账法：双方重新签订的联系单、对账单是有效清欠证据。
４、故意主张法：若欠款金额为４万，已超过２年时效。施工方以特快专递方式致函业主，故意要求清偿８万元欠款。有时债务方觉得冤枉，回函只承认其中的４万元。这样复函就是施工方胜诉的证据。
以上就是找法网小编为大家整理的关于工程款追讨找哪个部门的相关法律知识了。综上可知，工程款追讨一般是属于民事纠纷，所以可以选择去法院起诉追讨。如果您还有其他疑问，欢迎咨询找法网，我们会有专业的律师为您解答。
