一、如何认定实质性内容不一致
最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定的“实质性内容不一致”主要指的是工程计价标准、工程质量标准等主要条款内容差距较大。建设工程施工过程中，当事人以补充协议等形式约定的正常的工程量增减、设计变更等，一般不认定为“实质性内容不一致”。
二、如何认定“黑白合同”?
认定“黑白合同”时所涉的“实质性内容”，主要包括合同中的工程价款、工程质量、工程期限三部分。对施工过程中，因设计变更、建设工程规划指标调整等客观原因，承、发包双方以补充协议、会谈纪要、往来函件、签证等洽商纪录形式，变更工期、工程价款、工程项目性质的书面文件，不应认定为《中华人民共和国招标投标法》第46条规定的“招标人和中标人再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。
1.补充协议对工程价款、工程进度款等付款方式的变更构成实质性变更;
2.对工期、工程价款等内容作出与备案合同不同的约定，构成实质性变更。双方当事人签订的《建设工程施工合同》是经招投标程序而订立的中标合同且已备案，该合同合法有效。在《建设工程施工合同》备案后，双方另行签订补充协议书，此时涉案工程的客观情况未发生根本性变化，双方当事人就对工期、工程价款等内容做出与备案合同不同的约定，构成对备案合同进行的实质性变更。
三、何为建设施工合同中的实质性变更
1.建设施工合同中的实质性条款的含义及范围
所谓合同实质性条款，目前我国在法律法规的层面上，尚未有明确界定。一般而言，认为实质性条款是指合同的内容中对合同双方的权利、义务、责任发生实际性的影响的条款。鉴于没有法条直接规定，因此在对建设工程备案合同进行变更是否可直接适用《招标投标法》第46条之规定时，在司法操作中确实存在一定的难度，各地法院的判断标准也不完全一致。虽然法律尚未对合同实质性条款的内容有明确规定，但可以参照《合同法》第30条之规定，将要约的实质性内容作为合同实质性条款的依据。《合同法》第30条中规定：“承诺的内容应当与要约的内容一致。受要约人对要约的内容作出实质性变更的，为新要约。有关合同标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和解决争议方法等的变更，是对要约内容的实质性变更。”据此，河南安多律师事务所律师认为建设工程施工合同实质性条款可以为：(1)关于工程施工内容及范围的约定;(2)关于施工质量的约定;(3)关于合同价款的约定;(4)关于工程款支付及工程结算的约定;(5)关于工程索赔的约定;(6)关于履行期间的约定(包开工时间、完工时间、施工进度、竣工时间、交付竣工资料的时间、保修期等);(7)关于违约责任和解决争议的约定。
2.备案和未备案的两份施工合同在建设工期、施工质量、计付价款等方面发生变化，属于实质性内容的变化
施工合同的内容主要包括工程范围、建设工期、中间交工工程的开工和竣工时间、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期、双方相互协作等条款。建设工程中事关当事人权利义务的核心条款是工程结算，而影响工程结算的主要涉及三个方面：工程质量、工程期限和工程价款。工程质量，指建设工程施工合同约定的工程具体条件，也是这一工程区别其他同类工程的具体特征。工程期限，指建设工程施工合同中约定的工程完工并交付验收的时间。工程价款，指发包人按照合同约定应当支付给承包施工人为其施工建设的代价。如果备案和未备案的两份施工合同在建设工期、施工质量、计付价款等方面发生变化，当无疑义属于实质性内容的变化，未备案的合同应属于无效的“黑合同”。
3.认定实质性内容不一致需综合审查判断
并非只要当事人另行订立的合同与备案中标合同关于工程价款、工程质量和工期的约定有不一致的情况，就属于实质性内容不一致。认定实质性内容不一致，可以从另行签订合同的时间、另行签订的合同是否对备案合同的主要权利义务作了重大变更、变更的目的是否属串通投标损害其他投标人的利益等方面进行综合审查判断：
(1)如果备案中标合同与另行签订的合同仅在工程价款的约定上不一致，而关于工程范围、质量、工期的约定没有实质性区别的，则应当认定另行签订的合同与备案中标合同实质性内容不一致，并以备案中标合同的约定进行工程价款结算。
(2)如果备案中标合同与另行签订的合同不仅在价款上约定不一致，且在工程范围、工程质量、工期等方面也发生了变更的，同时该变更与工程价款的变化基本对等，当事人实际履行的也是变更后的合同，则不应当认定属于《建设工程施工合同解释》所规定的“另行签订的合同与备案中标合同实质性内容不一致”的情形，在这种情况下，应按另行签订的合同约定结算工程价款。
(3)如果另行签订的合同主要是对中标合同施工内容的补充、增加，对补充、增加部分的工程价款可参照备案中标合同关于价款的约定计算工程价款;难以参照备案中标合同约定计算工程价款的，按双方另行签订的合同约定计算变更部分的工程价款。
4.是否存在实质性内容变更可以从实质性内容的变化是否更有利于工程质量、合同价款的变化是否超过备案合同的1/3以上等方面判断
河南安多律师事务所律师认为，可从两方面来考虑：一是看实质性内容的变化是否更有利于工程质量。如果招投标并签订合同时要求工程质量为合格，而订立合同后要求工程达优良，必然相应提高工程价款，因此而变更合同符合权利与义务相一致的原则，对其他参加投标而未中标的单位并不存在影响其利益的问题，故可认定该合同系对中标合同的补充，虽未备案但应属有效。反之，如果招标时质量要求优良，而另行订立合同降低质量标准，并降低价款，除非经备案，否则可认定属于“黑合同”而应认定无效。
二是看合同价款的变化是否超过备案合同的1/3以上。招投标时，因已经过专业评标、发布招标公告、投标人编制投标文件等程序，一般工程范围、工程量大致已定，即使有些微改变，工程价款应不会大起大落。如果变化很大，应当重新进行招投标并备案，否则有互相串通损害其他投标人利益的嫌疑，进而可认定为属实质性内容不同的“黑合同”范畴。工程量、工程范围、工程价款变化的大或小的判断，建议以合同履行中的变化是否超过备案合同的1/3为据，1/3以内属于正常范围，超过1/3，因其未备案而认定为“黑合同”。因此，是否属于实质性内容的变更，可根据案件的不同情况从以上两方面来把握，而一概否定未备案合同的效力显然并不合适。
