(一)适用位序的区别
海事诉讼时效是民事诉讼时效的特别时效，应在处理海事案件时优先适用。对海事诉讼时效没有规定的，则应适用民事诉讼时效一般规定。如海员劳务合同纠纷、船舶建造合同纠纷、以船舶作抵押的借款合同纠纷、海洋开发利用纠纷等案件，其诉讼时效即为《民法通则》所规定的二年。
(二)起算时间不同
民事诉讼时效的起算时间，从权利人知道或应当知道其权利被侵害时起计算，而海事诉讼时效的起算时间则较为复杂，一般情况下也遵从上述原则，但对提单货物运输纠纷、海上旅客运输、船舶碰撞、海难救助、共同海损分摊、海上保险赔偿、船舶油污损害等情况，则有特殊规定。对此，我国《海商法》和相关行政法规都作了明确规定，详见上文。
(三)时效中断原因有异
《民法通则》及其相关司法解释规定，民事诉讼时效因三种原因而中断，即权利人提起诉讼或仲裁，或权利人向义务人或其保证人、代理人、财产代管人提出权利要求，或义务人同意履行义务。
海事诉讼时效的中断法律有更严格的规定，仅在以下三种情况下中断：
1、海事请求权人提起诉讼或提交仲裁而中断时效，但撤回起诉、撤回仲裁或起诉被裁定驳回的，时效不中断;
2、海事请求权人向义务人提出权利要求，且义务人同意履行义务的，时效中断;仅有请求权人的权利要求，而义务人不同意履行义务的，时效不中断;
3、海事请求权人诉前申请扣船的，时效自申请扣船之日起中断，但是，扣船后未起诉，申请人又申请撤销扣船，且海事法院同意的，时效不中断。
可见，海事诉讼时效中断要比民事诉讼时效中断严格得多。
