申请新版通行证需填写《中国公民出入境证件申请表》，提交符合要求的照片，并按规定提交相关证明材料。内地公安机关出入境管理部门对首次申请电子往来港澳通行证的16周岁以上（含）的申请人，均将采集或核验指纹，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定。
如持证人希望免登记使用港澳地区自助查验通道通关，还应在申请电子往来港澳通行证时，在申请表背面签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明》（不满16周岁的由其监护人签署）。
申请人首次申请电子往来港澳通行证（包括同时申请签注），必须由本人提交申请。曾在本省、自治区、直辖市申领过或已持有效电子往来港澳通行证的申请人，符合现行规定代办情形的，即未满16周岁和已满60周岁的，可由相关组织和个人代为申请电子往来港澳通行证和签注。
首次申请往来港澳通行证和签注，申请人本人到当地公安分局出入境办证大厅递交申请，不能委托代办，提交申请人身份证、户口簿复印件，交验原件。军人须交验身份证明。申请人浅蓝色底正面半身彩照（规格为48ｍｍ×33ｍｍ）一张贴在申请表上。属首次或换发港澳通行证的，须提交已与省厅照片检测中心联网的照片回执。
1、提交申请
申请人可先在网上提前预约申请，或直接到现场提出申请，并按照规定填写《中国公民出入境证件申请表》，准备好需要提交的相关证明材料。
2、数码照相
申请人需要提交本人数码照片两张，可直接在现场进行拍照（亦可在公安局认可的拍照点拍照，需领取照片回执）。
3、采集指纹
申请人在工作人员的指引下进行指纹采集或者核验指纹（左右手大拇指），16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定，采集后拿号等待办理。
4、受理申请
工作人员对申请人提交的材料进行初审，并出具缴费单给申请人（如果申请人希望使用免登记自助通关，应同时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明》）。
5、缴纳费用
申请人到指定窗口缴纳办证及签注所需的费用，制证费用80元，签注费用以签注类型而定，并领取回执单。
6、制作证件
受理申请后，由省公安机关出入境管理机构负责制作电子港澳通行证，并将制作好的证件送回接受申请的出入境管理机构。
7、发放证件
申请人在制证完成后，到办理的出入境管理机构领取证件；若选择快递形式收件的话，只需等候快递人员上门进行签收即可。
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