1、目的不同
民族区域自治是为解决民族问题而实行的区域自治与民族自治相结合的制度;特别行政区自治是为解决历史遗留问题，完成祖国统一大业而在“一国两制”方针指导下赋予特别行政区享有高度自治权的制度。
2、适用区域不同
民族区域自治的适用区域是民族自治地方;特别行政区自治的适用区域是港、澳等地区。
3、自治程度不同
特别行政区的自治程度要高于民族区域自治，特别行政区实行高度自治，它依照法律的规定享有立法权、行政管理权，独立的司法权和终审权，它通用自己的货币，财政独立，收入全部用于自身需要不上缴中央人民政府，中央人民政府也不在特别行政区征税。
而民族区域自治地方的自治权中只能制定自制条例和单行条例，在有不适合民族自治地方实际情况时，经上级机关批准方可变通或停止执行国家的法律和政策。属于民族自治地方的财政收入才能由民族自治机关自主安排使用。
自治区，是中国行政区划之一，行政区划级别与省、直辖市、特别行政区相同，是中华人民共和国省级行政区。是中国少数民族聚居地设立的省级民族区域自治地方。其地方政府在内部事务方面，会拥有比其他省级行政区来得高的自主空间。在我国现有内蒙古自治区、广西壮族自治区、西藏自治区、宁夏回族自治区、新疆维吾尔自治区五个自治区。
根据《中华人民共和国宪法》：
第一百一十二条 民族自治地方的自治机关是自治区、自治州、自治县的人民代表大会和人民政府。
第一百一十三条 自治区、自治州、自治县的人民代表大会中，除实行区域自治的民族的代表外，其他居住在本行政区域内的民族也应当有适当名额的代表。
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