《关于司法鉴定管理问题的决定》将司法鉴定社会化，推动了自行委托鉴定数量的大幅上升。当事人自行委托鉴定在方便当事人鉴定取证，促进司法鉴定公正等方面发挥了一定的积极作用，但由于其法律定位不清，鉴定程序不规范，出现了较多亟须完善的问题。
问题
首先，当事人自行委托鉴定的提起，只能由占有鉴定材料的一方当事人提起，另一方当事人即使有自行委托鉴定的意思，也势必会因其不能提供相应鉴定材料而委托不能，这样就造成了这项权利归于占有鉴定材料的一方当事人所独享。
其次，司法鉴定机构社会化后成为一种社会服务机构，受经济利益驱动，对当事人自行委托鉴定来者不拒，常常会不自觉地站在委托方的立场。对委托方送检的鉴定材料不加仔细的甄别，更有甚者会尽可能地选择对委托方有利的方面，规避对委托方不利的方面，造成鉴定结论对委托方有利，失去了鉴定的中立性、公正性。
再次，我国民事诉讼法回避制度除了适用于审判人员以外，还适用于鉴定人员。在当事人自行委托鉴定机构的情况下，当事人为了取得对自己有利的鉴定结论，往往会通过各种渠道找到和自己有朋友、同学等各种关系的鉴定机构、鉴定人，在这种情况下，鉴定人根本不会自行回避。对方当事人由于不知道委托方去何处鉴定，即使知道委托方委托的鉴定机构，由于无法知道委托方和鉴定人有何种关系，申请鉴定人回避更是无从谈起，这样一来，本该回避的鉴定人没有回避，导致鉴定意见的可信度大大降低。
再次，鉴定结论对案件的审理结果至关重要，当事人为了能够取得对自己有利的鉴定结论，往往会根据自己的经济条件申请权威的专家进行鉴定，经济实力越强越有可能请到该领域的权威专家进行鉴定，这样其会更加容易胜诉;有的会申请多家鉴定机构对同一事实重复鉴定，在不同种鉴定结论中自由取舍，选择对其最为有利的鉴定结论。从一定程度上说，容易使社会民众形成“经济实力决定诉讼胜负”的意识。
建议
笔者认为，应从以下几个方面完善：一是法院委托鉴定结论的证明力应当大于当事人自行委托鉴定结论;二是当事人自行委托鉴定应当在诉讼前进行并且只能以一次为限;三是对方当事人认可自行委托鉴定结论的才可以作为认定案件事实的依据;四是对方当事人对自行鉴定结论有异议的，法院应当委托重新鉴定;五是当事人自行委托鉴定应当与对方事先协商鉴定机构和鉴定人员，如果协商不成，委托方应当将自己选定的鉴定机构和鉴定人告知对方;六是鉴定材料应当经过双方当事人进行确认和封存;七是委托方收到鉴定结论后，应当及时告知对方当事人;八是对故意或者有重大过失作出虚假鉴定结论的鉴定机构和鉴定人应当依法追究相应的民事责任甚至刑事责任;九是当事人自行委托鉴定结论经过重新鉴定或者质证被推翻的，法院应当判令本次诉讼中的所有鉴定费用由自行委托鉴定的一方当事人承担。
综上，在现有的民事诉讼模式下，为了查明案件事实，在诉讼活动中应承以法院委托鉴定制度为主，一方当事人自行委托鉴定为辅，客观认识当事人自行委托鉴定结论的证明价值并合理运用。
