1、无效股份质押合同的处理
无效股份质押合同从订立时起就没有法律约束力，因此不能发生当事人预期的法律后果。债务人不履行债务时，债权人无权对出质人的股份享有优先受偿权，而且还应将股份返还给出质人，使之恢复到原来的财产状态。因无效股份质押合同造成 的经济损失，则应根据过错原则由责任方承担相应的赔偿责任。
2、有效股份质押合同纠纷的处理
1)债务履行期满前债务人履行债务的或者出质人提前清偿所担保的债权的，质权人应将出资说明书交还出资人，质权人还应向公司说明情况，公司应将股东花名册上记载的有关质押事宜注销，质权消灭。
2)债务履行期届满，质权人的债权未受清偿的，则以股份质押权来清偿债权人的债务，但我国《担保法》对股份质权如何实现，未作具体规定，一般应采用以下方法进行：
第一、自愿协商方法。即质权人和出质人可以在质押合同中就质权如何实现问题作出约定，也可以在债务履行期满，债务未受清偿时进行约定，人民法院依照双方的约定作出裁决。但当事人的约定必须符合下列条件：出质人和质权人的约定必须是完全自愿的，必须是双方真实意思表示;约定的内容不损害国家利益和社会公共利益;约定的内容必须合法，不得违反法律规定。
第二、强制执行方法。质权人和出质人就股份质权如何实现，没有协议约定或协议不成时，质权人可以请求人民法院强制执行。因股份是一种财产权，可以作为强制执行的标的物。人民法院在强制执行中，可以采用股份折价、拍卖、变卖等方式。不管采取哪种方法，均应通知该有限责任公司将法院执行产生的结果记载于股东花名册，公司接收到法院通知后不得拒绝。
