根据《上海证券交易所债券交易实施细则》，上证所于2006年5月8日起推出了新质押式国债回购。新质押式回购与过去的质押式回购相比区别主要在以下几个方面：
1、新质押式回购按照证券账户进行回购交易和核算标准券库存。过去回购标准券是以证券公司为核算单位，新质押式回购交易必须按账户申报，并且按证券账户核算标准券库存。
2、质押库制度。新质押式回购的融资方在进行回购申报前必须申报质押券，作为质押券的现券将被实行“转移占有”。即投资者必须指明那些现券作为质押券，这些债券被过户到质押库中，作为质押券的债券不可以卖出。
3、交易系统进行前端检查。在回购交易时，交易系统按证券账户对回购交易进行前端检查。只有在标准券足额的情况下，融资回购申报才有效，这意味着，投资者在进行回购融资前，必须首先申报足额的质押券，否则不能进行回购交易;融券方的资金检查还是由证券公司系统实行前端控制。
2006年5月8日后，新质押式回购与过去质押式回购并行，但两个品种在证券代码和证券账户两个环节都相互隔离。
