法律评析
一、双方签订的补充合同是否生效
补充合同作为对主合同的补充和修改，其法律效力可以作为合同的附件而与主合同一同生效或通过双方约定的生效条件成立时产生约束力。如属于对主合同的修改，其生效后，有关合同的履行适用补充合同的规定。
本案中，双方签订的补充合同是一个附条件的对主合同进行修改的法律文件。该补充合同规定，如“烟台港不办理此货，买方应立即电告卖方，交货地点改为广西北海港”，即在乙公司关于“烟台港不办理此货”的电报发出后补充合同所附条件成立，则补充合同产生法律效力，因此双方对货物单价和履行地点采用补充合同的规定而非主合同的规定。
在合同的实际履行中，乙公司并未向甲公司发出关于“烟台港不办理此货”的电报，那么，甲公司主动提出在北海交货的要求是否违反合同?根据《经济合同法》的规定，合同任何一方不得擅自变更或者解除合同。因此，在本案合同的实际履行中，甲公司在未接到乙公司的电报通知的情况下，单方面变更合同履行地点的行为完全属于违约行为。但是，在接到甲公司关于变更交货地点的通知后，乙公司不仅未就对方变更交货地点提出异议，反而在甲公司提出的交货地点办理提货和交款手续，这就表明，乙公司通过自身的行为对甲公司变更履行地点行为予以了认可，因此，甲公司和乙公司之间通过乙公司的追认行为就交货地点的变更达成一致，导致补充合同在事实上已经成立，因此，该补充协议对双方具有约束力，双方在履行中的权利义务应当按照补充合同的规定执行。
二、在合同的履行过程中，双方的行为构成了共同违约
《经济合同法》规定，合同依法成立，即具有法律约束力。当事人应当履行合同约定的义务。
本案中，由于双方的约定和事实上的履行行为，主合同和补充合同均已发生法律效力，对双方均具有约束力。而在实际履行中，甲公司本应负有按期按量向乙公司提供货物的义务，但甲公司在履行两次交货义务后，未能按照合同继续履行，属于违反合同的行为，应承担延期供货的违约责任。而乙公司由于自身的事实行为导致补充合同成立，在收到货物后，本应依照补充合同规定的数额交付货款并支付陆路运输费用，但实际上乙公司未能按照合同的规定完成自身的义务，其行为也违反了合同赋予的义务，乙公司同样出现违约的行为，其关于补充合同未成立而应免除其延期付款义务的抗辩没有法律依据。因此，乙公司应当承担未按期支付货款的民事责任，对其违约行为负责。
三、乙公司因违约行为而无权要求甲公司承担定金罚责
《民法通则》第89条规定，当事人一方在法律规定的范围内可以向对方给付定金。债务人履行债务后，定金应当抵作价款或者收回。给予定金的一方不履行债务的，无权要求返还定金；接收定金的一方不履行义务的，应当双倍返还定金。这就是我国法律所确立的定金罚责。执行该定金罚责的条件是一方当事人有违约行为且具有过错。如果违约人并无过错，例如因不可抗力造成违反合同，则不应执行定金罚责。在这种情况下，接收方只承担原数返还定金的义务。
根据上述法律规定，只有当支付定金系守约方且接收定金方发生违约行为并有过错时，才能支持双倍返还定金的要求。本案中，乙公司在合同履行过程中，未能按照合同和补充合同的约定向供货方及时支付货款和运输费用等，发生了违约行为，乙公司的违约行为属于主观上有过错的行为，其违约行为使得有关运用定金罚责的法定条件没有成立，因此，乙公司无权要求甲公司就未履行部分的货物的定金予以双倍返还。
四、合同终止履行后双方责任的划分
在合同双方履行完第一批货物的交货和付款的义务后，双方在第二批货物的履行上产生争议，使得合同发生争议，对于之后的若干批货物的交货等未能有协议或新的法律行为，从合同履行的实际分析，双方均不再有继续履行合同的意愿，加之在合同前期的履行中，由于双方的违约行为导致合同未能全面履行，且已经出现双方共同违约的行为，因此，合同的继续履行已经成为不必要，应当予以解除。
由于合同出现被解除的情形，在合同的履行中双方均有违约行为，属于混合过错导致的共同违约，不属于单方违约，根据《经济合同法》的规定，当事人双方都违反合同的，应当各自承担违约责任。在合同被解除后，根据《民法通则》第61条规定的“民事行为被确认为无效或者被撤销后，当事人因该行为取得的财产，应当返还受损失的一方”。双方应根据法律规定清理债权债务，相互间不应再追究责任。
