1、报检：报检员填写报检单并持所需资料到检务科报检，取得报检号码。
2、业务受理：报检员持取得报检号码的报检资料到植检科前台办理前台业务。前台工作人员对有关资料进行审核：不符合要求的，退回申办者并说明原因;符合要求的，进入检验检疫程序。
3、植物检验检疫程序：
进境货物：科长分单，前台工作人员根据有关规定，对需要进行现场检查的货物出具《现场检验检疫通知书》;对不需要现场检查的货物按规定签单放行或调离集中检疫，并由检务科出具通关单，准予进境。需要现场检查的货物的货主按《现场检验检疫通知书》的要求，在货物到达后，由科长分单到具体检查人员进行检查：经查验合格的，检查人员填写检查记录，由检务科出具通关单，准予进境;不合格的，检查人员填写检查记录，按有关规定进行除害处理或退货处理，经除害处理合格的准予进境。
出境货物：科长分单，由前台工作人员根据有关规定，对需要抽样检查的货物呈交科长分配，安排具体检查人员进行检查，经抽样检查合格或复检合格的货物，检查人员填写检查记录，由检务科出具通关单或证书;需作特别消毒杀虫处理的货物，应先到指定的消毒杀虫处理监管厂进行处理，凭检疫处理结果证明办理，并由检务科出具通关单或证书，准予出境;对不需要抽样检查的货物按规定签单放行，由检务科出具通关单或证书，准予出境;经检查或复检不合格，又无有效处理办法的，不准出境。
4、调离集中检疫：对于调离集中检疫的货物，由科长安排具体检查人员进行检疫：检疫合格的，由检疫人员填写检疫记录，货物准予使用或销售;检疫不合格的，检疫人员出具检疫处理通知书，通知货主对货物进行除害处理或销毁。
