第一，针对的对象不同。新婚姻法增加的补办结婚登记是针对那些符合婚姻法关于结婚的实质要件，举行了结婚仪式或已经以夫妻名义共同生活，但未履行法定的结婚登记手续的男女;而补领结婚证是指那些已经办理过结婚登记手续，但因结婚证丢失或损毁，要求婚姻登记机关根据婚姻登记档案为其补发结婚证的人。
第二，办理的程序不同。补办结婚登记必须符合关于结婚登记的所有法定要件，当事人双方必须同时到场，只能在一方当事人常住户口所在地办理;补领结婚证并不要求双方当事人必须同时到场，当事人可以到原办理结婚登记的机关申请补领，也可以到现一方常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。
第三，婚姻效力的起算时间不同。补办结婚登记的效力“从双方均符合婚姻法所规定的结婚的实质要件时起算”;补领结婚证，其婚姻关系的效力从原办理结婚登记时起算。
第四，结婚证上的登记日期含义不同。虽然补办结婚登记效力可以追溯到两人同居之日(如果同居时已经符合结婚的实质要件)，但该效力的追溯并不在结婚证上体现，补办登记发出的结婚证上的“登记日期”是当事人补办登记当天的日期，如果日后当事人因婚姻效力的起算日期出现争议，可以通过司法程序由人民法院确认该婚姻发生法律效力的真正时间。补领的结婚证则应根据结婚登记档案在“登记日期”栏填写原办理登记的日期;另外，根据《民政部关于启用新式婚姻登记证等问题的通知》(民发﹝2003﹞190号)规定，补领结婚证应在结婚证备注中注明：“结婚证遗失，补发此证。××××年××月××日(补发日期)”。
二、怎样补办结婚登记
针对我国目前“不登记”结婚的现状，婚姻法第8条规定，未办理结婚登记的，应当补办登记。该条规定的立法原意是基于我国实际情况，对符合结婚实质要件的男女未办理结婚登记即以夫妻名义同居生活关系的一种补救规定，同时也是对结婚登记必要性的着重强调。
在实际操作中，要掌握如下方面：
1、并不是所有以夫妻名义同居生活、尚未办理结婚登记的男女均可补办结婚登记。
根据婚姻法和《婚姻登记条例》的规定，补办结婚登记的主体必须是已经具备法定结婚实质要件，而只是欠缺法定结婚形式要件的男女双方。
应当注意的是，补办登记和程序与一般的登记程序是相同的，男女双方必须亲自到婚姻登记机关进行结婚登记。
2、补办婚姻登记的婚姻关系效力具有溯及力。
补办登记的婚姻效力从双方均符合婚姻法规定的实质要件时起算，也就表明它不仅认可事实婚姻关系在补办登记后的合法婚姻效力，而且对补办婚姻登记前的事实婚姻关系也予以认可。
但是，对补办登记前婚姻效力的追溯及认可，是以男女双方均符合结婚的实质要件时起算，而不是溯及到男女双方以夫妻名义同居生活时，因为男女同居可能会有一方或双方不符合法定结婚条件，不能将这时的同居关系按具有婚姻效力对待。
