1、第三方支付法律风险不可小觑
主体资格和经营范围的设定、沉淀资金的支配和管理等，在法律上仍存在很多模糊地带，潜伏者很多法律风险。
以余额宝为例，按照央行对第三方支付平台的管理规定，支付宝余额可以购买协议存款，能否购买基金并没有明确的规定。虽说支付宝在2012年5月获得了基金支付牌照，但没有获得基金销售牌照。余额宝借助天弘基金实现基金销售功能的做法，是在打擦边球。从监管层面上来说，余额宝并不合法。一旦监管部门发难，余额宝有可能会被叫停。
2、它们掌握着你的资金风险
一个邮箱账号+一个支付密码就可以完成网上或移动支付，快捷支付虽然比传统登陆网银、输入繁琐U盾密码的方式更便捷，但简单与风险是共存的。据某银行人士介绍，“第三方支付工具的快捷支付对银行来说只限于账户绑定，并不进入银行网银页面，不依赖银行安全体系，而是由工具自己来控制资金的安全风险。”银行往往只有一个快捷支付的限额规定，所以在选择使用时，工具自身的风控能力是关键。常见的形式有第三方通过限额短信提醒、大额消费回呼确认等，有的第三方推出资金保障险，引入保险机制来全额赔付。
3、有些第三方支付公司可以直接支配交易款项
在这些第三方支付平台中，除支付宝等少数几个并不直接经手和管理来往资金，而是将其存在专用账户外，其他公司大多代行银行职能，可直接支配交易款项，这就可能出现不受有关部门的监管，而越权调用交易资金的风险。
4、利息的分配还没有定论
由于收付款存在着时间差，第三方支付工具的银行账户中始终都有客户备付金，尤其是有担保交易业务的第三方支付，买卖最短兑现周期也需要5天，这部分沉淀资金产生的活期利息就更加可观。按照国际惯例，这部分利息收入的确归支付机构所有，往往被视为第三方的盈利来源之一。但事实上在国内，利息到底归谁尚无法律依据。
虽然央行在2011年11月《支付机构客户备付金存管办法(征求意见稿)》中首次明确“沉淀资金利息除必须计提至少10%的风险准备金以外，剩余利息余额划转至第三方平台的自有资金账户”，但在2013年6月正式颁布的《支付机构客户备付金存管办法》中关于剩余利息应如何分配的条款却被删除了。某律师认为，“央行或许是为了回避争议，这部分收入暂且仅可算为灰色收入。”
5、它们不一定有担保责任
第三方支付兴起的一大特色功能就是信用担保功能，也就是将网上购物中的支付步骤分步，在用户和商家之间设立中间过渡账户，只有交易双方达成一致才最终完成支付。这样可以避免交易纠纷。但并不是所有第三方支付平台都具有信用担保的义务。
事实是，不是所有第三方支付平台都具有信用担保的义务。某平台负责人解释，“我们是纯粹进行支付环节的专业化服务，仅在网上支付时提供用户与商家的链接，没有义务监督商家的发货及分辨真伪。”第三方支付的付款模式除了信用担保模式，还包括另两种：网关型，即根据指令即刻付款到对方账号;虚拟账户型，即将款项存入网上的账号，用账户中的余额付款。
6、它们靠的是交易规模
一位研究支付业务的人士介绍，“支付行业其实是微利行业，盈利模式比较单一。同质化程度较高，只有交易总量足够大，才能盈利。”目前利润的来源有几个方面，最主要的就是来自合作商户的手续费和靠交易量抽取佣金。例如某平台向使用支付平台的商户收取的手续费最高有1.2%，大额交易还抽取1%左右的佣金。目前获得央行发布的第三方支付牌照的企业已经有223家，而前3家几乎占据75%以上的市场份额，所以它们的竞争目标是你的使用依赖性。
7、它们会帮商家对你精准营销
第三方支付工具可以通过你的支付记录分析你的消费、支付习惯，形成强大的数据库，事实上，这也是很多第三方支付平台要打造的核心竞争力之一。如支付宝的淘宝账单。
支付宝可以提供每个人的财务报表、消费数据分析，甚至是管理咨询分析。而它们掌握的这些数据资料也会让你继续被“精准营销”。
8、它们无法完全绕开银行
有的网络支付软件告诉你“无需开通网银”，只要输入姓名、卡号、身份证等信息便能实现支付，但这并不等于它们能绕过银行。在支付的背后，因网络支付工具没有属于自己的直接处理资金的渠道，所以必须依托银行提供的接口来处理交易。事实上，任何包含两个不同账户的资金流动，都需要银行为其开放接口。在法律上，关于谁能做支付工具没有特别的限定，但在技术上，必须由银行为企业开放不同支付功能的接口。
9、他们可能成为洗钱的工具
第三方支付可能成为某些人通过制造虚假交易来实现资金非法转移套现，以及洗钱等违法犯罪活动的工具。比如，据一位网友介绍，如果信用卡持卡人利用亲戚或朋友的身份证和银行卡在网上开店，然后用自己的信用卡去店里买东西，第三方也无从查证该笔交易是否真实，全凭买家和卖家在网上的确认而进行付款。因此，用这种方法完全可以实现信用卡的套现而不花任何费用。
10、你的信息有被泄露的风险
目前存在的击败家第三方支付产品质量参差不齐,鱼龙混杂,用户的交易安全和个人信息存在很大的风险。
目前不少大型第三方支付平台要求用户提供真实姓名、联系方式、住址、银行账号甚至身份证复印件,作为交易双方信用担保的凭证,这是一把双刃剑,一旦网站设计有疏漏,这些信息很容易泄露。
例如,支付宝目前存在一个漏洞,在支付宝登录后,点击“我要付款”,输入邮箱地址,支付宝立刻会将该用户的真实姓名显示出来。如果这个漏洞被犯罪分子获取,该用户可能很快就会接到诈骗电话的骚扰。
另外一个例子,搜索引擎通过图片上的关键字抓取信息,某交易网站—第四媒体分类信息网—了难网”由于安全保密措施不足,用户提交的身份证信息被搜索引擎抓取,放在互联网上任人查阅。
