一、合同主体地位
电子客票销售中，购票者在网上是一个虚拟主体，而虚拟主体在合同法及相关法律中并没有法律地位，“他”所做出的民事行为是否为真实的意思表示、“他”和现实中真实的民事主体能否建立唯一对应这还都是存有争议的，电子客票面临着合同主体无效的困境。现实中一般采用用户注册的方式解决这一难题，但这一做法也并不能完全解决购票人身份认证问题，如果一个未成年人登录电子客票销售网站，按照操作流程成功购买了电子客票并支付了票款，这一合同行为是否有效?按照民法规定这一行为当然无效。因此，只有解决了身份认证问题，这样才能真正确立航空运输电子合同主体的有效地位。
二、合同内容
1、电子客票的成立和生效期间，很多工作都是电子代理人在后台完成，因此出现电子系统故障后，有可能造成电子客票的内容失实，出现意思不完整或发生错误。出现电子系统故障后造成电子客票内容失实，但是购票人对此只能接受或拒绝，而不能修改合同内容，如果购票人未察觉到这一情况而使合同成立，势必造成对合同当事人的损害。受损害方可否可否以此为由抗辩电子客票不成立?我认为，这种情况可以以此为由抗辩，合同即使已经成立，也应允许当事人行使撤销权撤销合同。由此造成相对人的损失，如行为人确实有过错，应负赔偿责任。
2、对于“Click-wrap”合同，电子客票销售网站和航空公司有可能随时修改合同条款内容而不必事先告知购票人或征求购票人意见，这势必影响到购票人的合法权益。在这种情况下航空运输电子合同是否还能成立或有效?我认为在此情况下应当以购票人的利益和意思为立足点，如果这种修改对购票人有利，合同成立；如果对购票人不利，购票人明确反对接受修改条款的，合同不成立；明确表示接受修改条款的，合同成立。
3、作为点击合同（即一方当事人预设格式合同，另一方当事人只需点击“接受”或“不接受”就可以缔结或拒绝的合同）[75]，旅客在申请“电子客票”的过程中，只对点击合同条款的本身认可，并不必然承认后续条款，即点击后的后续条款对旅客不必然有效，因为根据意思自治和诚实信用原则，当事人不能对其所不知道的事情负责，因此后续条款不能自动构成航空运输合同的内容。各航空运输企业应明示其电子客票的运输合同条件，并以合理的程度提请旅客注意，以保障旅客的合法权益。
4、《合同法》第39条规定：采用格式条款订立合同的，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提请对方注意免除或者限制其责任的条款，按照对方的要求，对该条款予以说明。而在电子客票的出具过程中，航空公司基本上没有在网页的明显位置列明运输合同条件，而是以超链接的方式表现，如果订票人想要了解其内容，往往会因为线路繁忙而无法连上或传输等其他因素而使内容不完整或无法辨识，客观上剥夺了旅客的知情权，使格式条款成为了默认条款，旅客只有无条件接受并执行的义务，这是不符合《合同法》的立法本意的。因此应当从完善电子客票缔约程序方面努力，保障旅客的合法权益。
三、法律效力
根据《中国民用航空旅客、行李国内运输规则》的规定，“客票”是指由承运人或代表承运人所填开的被称为“客票及行李票”的凭证，包括运输合同条件、声明、通知以及乘机联和旅客联等内容。所以，“电子客票”在我国现行的民用航空法律框架下不是“客票”，按照法律逻辑的推理，持有“电子客票”登机的旅客在法律上将被视为“无票旅客”，根据《民用航空法》第111条的规定，在国内、国际航空运输中，承运人同意旅客不经其出票而乘坐民用航空器的，承运人无权援用有关赔偿责任限制的规定。
而且根据我国《民用航空安全保卫条例》的规定，安全检查人员应当查验旅客客票、身份证件和登机牌。这让电子客票陷入了一个尴尬境地中。因此有必要对现行民航法律法规进行修改，借鉴吸收1999年《蒙特利尔公约》中的个人或集体的“运输凭证”的概念[76]，促使电子客票合法化，促进航空运输业的发展。
