1987年6月23日全国人大常委会通过《关于对中华人民共和国缔结或者参加的国际条约所规定的罪行行使刑事管辖权的决定》规定：对于中华人民共和国缔结或者参加的国际条约所规定的罪行，中华人民共和国在所承担条约义务的范围内，行使刑事管辖权。我国刑法第9条规定：对于中华人民共和国缔结或者参加的国际条约所规定的罪行，中华人民共和国在所承担条约义务的范围内行使刑事管辖权的，适用本法。
我国先后加入了《东京公约》、《海牙公约》和《蒙特利尔公约》。《东京公约》的规定主要是以所谓旗帜法为依据的，也就是说，管辖权由航空器登记国行使。但《海牙公约》、《蒙特利尔公约》均规定了普遍管辖原则，要求缔约国对公约规定的罪犯或起诉或引渡。
普遍管辖原则，亦称世界主义原则，是指对于某些危及人类安全的国际犯罪，不论犯罪人国籍如何以及犯罪地何在，也不论侵犯了何国利益，世界各国均对其具有管辖权。对于劫持航空器罪，我国及其他各缔约国均可以根据国际公约规定，不论犯罪行为或者犯罪结果发生在何地，也不论犯罪人国籍如何，只要犯罪人在本国境内，就可以对其行使刑事司法管辖权，并依照本国法律予以惩治。应当强调的是，根据三个国际公约规定的原则和基本精神及我国刑法规定，凡劫持我国航空器进入他国的，我国仍对犯罪分子具有刑事司法管辖权，有关国际或地区的司法当局应根据有关国际公约的引渡条款予以配合。
所以，对于本罪的罪犯，在下列情形下，我国有权行使管辖权，
(1)在我国登记的航空器内犯本罪；
(2)在里面发生犯罪的航空器，在我国领土上降落而嫌疑犯还在该航空器内；
(3)在租来时不带机组的航空器内犯有罪行而租机人在我国有主要营业地，或无主要营业地而有永久住所。
我国对罪犯实施管辖权，就应依照我国刑法的有关规定予以惩处，即根据本条规定定罪量刑。根据上述公约，即便不属于前述的三种情形，如果犯本罪的嫌疑犯进入我国境内，我国不予引渡时，也应行使管辖权，依我国刑法的有关规定予以惩处。
