只有知识产权权利人可以申请知识产权海关保护备案。这里“知识产权权利人”指我国《商标法》、《专利法》和《著作权法》中规定的商标注册人、专利权人、著作权人和与著作权有关的权利人。
（一）从目前规定看，能够向海关总署提出知识产权海关保护备案申请的，只能是有关知识产权的权利人，即商标注册人、专利权人、著作权人以及与著作权有关的权利人和奥林匹克标志专有权人。
（二）如果某种权利是由多人共有，则其中任何一个权利人向海关总署提出备案申请即可，而其他权利人无须再提出申请。
（三）根据有关的专门法及司法解释，知识产权利害关系人，特别是知识产权的独占许可使用人有权向人民法院提起诉讼，以知识产权权利人的身份维护自己的权利。但是，在知识产权海关保护备案中，有关知识产权的利害关系人包括独占许可使用人、排他许可使用人及一般许可使用人等不能申请办理保护备案。
由于许多知识产权的授权使用人，特别是那些经过境外权利人授权的商标专用权的独占许可使用人，在实践中已经完全代表权利人承担起了维权打假的职责，所以，被授权的使用人可以在取得授权委托书后，作为权利人办理知识产权海关保护事宜的代理人。
如果授权使用人是自然人，也可以直接作为权利人在海关总署备案中的境内联系人在海关总署备案，代表权利人与海关联系合作，共同打击进出口侵权行为。
按照规定，海关总署应当自收到全部申请文件之日起30个工作日内作出是否准予备案的决定，也就是说，要在30个工作日内完成对备案申请的审核。
如果权利人就一份知识产权备案的申请材料分为多个文件多次向海关总署提交，则将海关总署收到权利人提交的最后一个文件之日视为收到全部申请文件之日。
如果权利人提交的有关申请书随附的有关证明文件不符合要求，海关总署会通知权利人补正。权利人在接到通知以后，应及时就所缺少的或不符合要求的材料重新向海关总署提交相应的材料，补正时间不计入海关审核的30个工作日内。
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