知识产权海关保护的基本程序主要分为有2种不同的保护模式。
第一种保护模式是被动保护模式。
知识产权权利人在发现他人进出口货物涉嫌侵犯其知识产权时，有权向货物的进出境地海关提出扣留侵权嫌疑货物的申请和担保，海关在应权利人的申请扣留相关货物后，会及时通知权利人和货物收发货人。从海关扣留货物之日起开始计算，在规定期限内，如果海关收到人民法院就被扣留货物的财产保全裁定或者诉前责令停止侵权行为裁定协助执行通知书的，海关应当协助人民法院执行；未收到上述通知书的，海关就不再扣留有关货物，而将予以放行。我们将此种保护模式称为被动保护模式。
第二种保护模式是主动保护模式。
知识产权权利人向海关总署申请知识产权海关保护备案，海关总署经审核予以核准之后，货物进出境地海关发现进出口货物涉嫌侵犯上述已备案知识产权的，会立即通知权利人，如果权利人在规定的时间内未能提交申请和担保，海关将放行有关货物。如果权利人在规定的时间内向海关提交了申请和担保，海关将扣留侵权嫌疑货物，并自扣留之日起内，对货物是否侵权进行调查。海关经调查确定货物是侵权的，应当作出相应得处罚决定；海关经调查确定货物不侵权的，应当放行有关货物；若经调查不能确定货物是否侵权，则海关会立即通知权利人，在这种情况下，如果自扣留货物之日规定期限内海关未收到人民法院协助执行通知书，则海关将放行货物，如果自扣留货物之日起计算5收到人民法院协助执行通知书，海关将协助执行。我们将此种保护模式称为主动保护模式。
申请备案应向海关总署提交申请书申请书应包括列内容：
1、知识产权权利名称或者姓名、注册或者籍等
2、知识产权名称、内容及其相关信息
3、知识产权许行使状况
4、知识产权权利合行使知识产权货物名称、产、进境海关、进口商、主要特征、价格等
5、已知侵犯知识产权货物制造商、进口商、进境海关、主要特征、价格等 列情形
知识产权海关保护，是指海关对与进出口货物有关并受中华人民共和国法律、行政法规保护的商标专用权、著作权和与著作权有关的权利、专利权实施的保护。
知识产权权利人发现侵权货物即将进出口的，可以向货物进出境地海关提出扣留侵权嫌疑货物的申请。被扣留的侵权嫌疑货物，经海关调查后认定侵犯知识产权的，由海关予以没收。
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