1.影响通关速度
当前，海关实行电脑自动化报关程序，企业向海关申报，海关首先要审核报关单位和报关员的报关资格；其次是审核报关单的填制是否符合海关规定，经电子计算机传递的报关数据是否准确，是否符合海关统计指标数据的要求。通过审核，符合上述各项要求的，海关才可以接受申报；否则，海关不接受申报，做退单处理，即通关工作中断。
2.影响企业的配额和税率的计征
国家经贸部门每年给企业的配额（出口的被动配额），均是根据企业每年的出口量来决定的。若企业在报关单上不注意经营单位、数量的填写，很容易造成本企业应出口的数量错误，或错误输入经营单位编号从而变成了另一个经营单位。这种差错将会影响企业第二年的配额，甚至引起纠纷。若企业申报商品名称不确切，明明不需要许可证的商品也变得要许可证了。
3.影响企业的出口退税和核销
国家税务总局的出口退税也是参照海关签发的报关单进行，若企业填－报的报关单有问题，如价格、数量、商品名称等方面出现差错，税务部门将不给予退税。企业则需要再去海关搞清差错的原因，并由海关出具有关证明，税务部门才予以退税。银行、外管局的收结汇核销，同样是根据报关单的内容进行的，若填单的价格有问题，例如，对外收提款是20，000美金，但少填1个零，变成2，000美金，那么外管局或银行就会怀疑是否存在外汇折流，而不予核销。
